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Cette ZNIEFF, qui longe la grande Becque, présente un paysage majoritairement composé de prairie et de champs. La partie sud, "le près du moulin madame" gérée par le CEN possède un patrimoine naturel et une diversité écologique en cours de raréfaction inquiétante dans la plaine de la Lys. Cette zone est constituée de plusieurs prairies alluviales, assez bien conservées, avec un degré d’eutrophisation encore faible (prairies de fauche mésotrophiles à méso-eutrophiles). Ces prairies font partie d’un des derniers vestiges de ce type d’entité écologique dans la vallée de la Lys mais aussi dans la région. Ce secteur a également la particularité d’offrir un gradient topographique bien marqué et des successions végétales tout à fait remarquables. En revanche, le nord de la ZNIEFF présente un intérêt floristique limité. Il possède essentiellement un intérêt paysager grâce au tracé naturel de la Grande Becque qui file dans la plaine en dessinant des méandres bordés d’une galerie d’aulnes et de saules têtards. Enfin, un réseau de haies bien conservé constitue une entité écologique et paysagère devenue rare dans les collines de Flandre intérieure et la plaine de la Lys. Il s’agit donc d’un site qui a une valeur patrimoniale certaine, d’autant plus notable qu’il est entouré de ville et d'openfield.
Au total, 21 espèces de plantes déterminantes de ZNIEFF dont une quinzaine ont été observées sur le site après 2013 et six végétations déterminantes de ZNIEFF ont été observées dont trois entre 2013 et 2018.
29 espèces de faune déterminantes ont été observées. 22 d'entre-elles l'ont été après 2013.
Plusieurs vieux vergers sont présents et favorisent la présence d’espèces comme le Moineau friquet et la Tourterelle des bois, classées “En danger” selon la liste rouge des oiseaux nicheurs du Nord et du Pas-de-Calais (Beaudoin & Camberlein, 2017). La Chevêche d’Athéna est également bien présente avec 3 couples identifiés en 2018. Le réseau de haies constituant le bocage alluvial accueille de nombreux passereaux : le Bruant jaune, la Fauvette grisette et surtout l'Hypolaïs ictérine, “En danger” selon la Liste rouge des oiseaux nicheurs. Les fossés végétalisés de la Becque et des champs aux alentours permettent d'accueillir la Gorgebleue à miroir. Les champs cultivés le long de la Becque accueillent l’Alouette des champs, le Vanneau huppé et le Busard des roseaux. Les anciens complexes agricoles constituent des sites particulièrement intéressants pour l’établissement de colonies d’Hirondelle rustique.
Une importante population de Criquet ensanglanté, le Conocéphale des roseaux le Criquet marginé et la Coccinelle à 13 points illustrent par leur présence le caractère humide des prairies de Sailly-sur-la-Lys.
L’Hespérie de l’Alcée, Papillon “de jour” actuellement en expansion dans le Nord et le Pas-de-Calais, a également été découverte en bordure des prairies humides. Pondant sur diverses espèces de Malvaceae, elle fréquente une grande diversité de milieux ouverts, avec une attirance notable pour les espaces richement fleuris.
La Pipistrelle de Nathusius, Chauve-souris forestière (ARTHUR & LEMAIRE, 2009) est inscrite à l’Annexe IV de la Directive Habitats, elle est classée quasi-menacée à l’échelle nationale (UICN France et al., 2009) et elle est peu commune dans le Nord – Pas-de-Calais (FOURNIER [coord.], 2000).
Le périmètre qui s'étendait le long de la Grande Becque entre la commune de Steenwerck et le canal au niveau de la commune de Sailly-sur-la-Lys a été réduit en 2010 au nord de la voie ferrée et à l’ouest, ces secteurs étant dénués d’intérêt écologique et paysager. Il a en revanche été élargi aux prés humides de Sailly-sur-la Lys, situés de part et d’autre de la Lys.
Ainsi le nom de la ZNIEFF a été modifié comme suit : « Bocage alluvial de la Grande Becque et prés du Moulin Madame à Sailly-sur-la-Lys ».
