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Cette ZNIEFF est située au coeur de la Flandre borde l’Yser, ce petit fleuve des collines de Flandre intérieure, dont l’ancien cours méandreux a été rectifié. Elle est bordé d’une végétation arbustive irrégulière et de quelques vieux saules blancs taillés en têtard. L’Yser, s’écoule ici dans une vallée bocagère étroite, de 100 à 200 mètres de large. La vallée s’élargit nettement en même temps qu’elle s’établit sur les dépôts flandriens de la plaine maritime et à mesure que l'on approche la frontière belge. Quelques affluents (la Petite Becque, le ruisseau d’Herzeele et la Becque de Braems) alimentent le fleuve essentiellement en rive droite et donnent à la vallée un élargissement local.
Cette ZNIEFF est occupée par une alternance de prairies, de cultures et de vastes mares de chasse à fond plat, faisant ainsi de ce secteur une sorte d’îlot bocager au milieu de la plaine flamande intensément cultivée et artificialisée. Les mares sont issues du recalibrage de l’Yser et occupent souvent l’ancien cours du fleuve. Quelques haies arbustives et vieux saules disséminés ponctuent ce paysage verdoyant cerné par des champs. Les quelques prairies encore bien conservées représentent un des derniers témoins du système alluvial à vocation herbagère de l’Yser.
Malheureusement, sur une surface importante, les prairies sont fortement banalisées par l’emploi d’herbicides antidicotylédones et par l’eutrophisation des sols due à la fois à l’emploi d’engrais sur les prairies et à la dégradation généralisée des eaux de l’Yser. On trouve encore une belle diversité végétale au niveau de la réserve naturelle régionale du Vallon de la Petite Becque avec notamment l'Achillée sternutatoire (Achillea ptarmica subsp. ptarmica), le Brome en grappe (Bromus racemosus), la Cardamine amère (Cardamine amara subsp. amara), la Laîche bleuâtre (Carex panicea), l'Orchis négligé (Dactylorhiza praetermissa), le Jonc à tépales aigus (Juncus acutiflorus)... Ailleurs, l'intérêt de cette ZNIEFF réside surtout dans ses végétations aquatiques, réparties entre les mares des prairies et les huttes de chasses. On peut notamment observer la très rare Callitriche occidental (Callitriche truncata subsp. occidentalis) ainsi que plusieurs petits potamots : le Potamot fluet (Potamogeton pusillus) rare dans la région, Potamot capillaire (Potamogeton trichoides) assez-rare et le Potamot crépu (Potamogeton crispus) peu commun. Quelques espèces déterminantes de ZNIEFF sont également encore présentes dans certaines prairies : l'Orge faux-seigle (Hordeum secalinum) assez rare dans la région, l'Oenanthe fistulosa (Oenanthe fistulosa) peu commune, Renoncule de Sardaigne (Ranunculus sardous) assez rare.
La grande diversité d'habitats qui caractérise les vallées bocagères (alternance de prairies, de haies et de zones humides) permet la présence d'une très grande diversité d'avifaune, aussi bien en reproduction qu'en migration ou en hivernage. Au total, ce sont 40 espèces déterminantes de ZNIEFF qui ont été contactées sur la zone à différentes périodes de l’année.
Pour les espèces nicheuses, la plupart des zones favorables sont comprises au niveau des trois ZNIEFF de type 1 incluses dans le périmètre de cette ZNIEFF de type 2. Ces zones favorables sont :- les zones humides qui permettent la nidification de limicoles comme l’Avocette élégante (Recurvirostra avosetta) ou l’Échasse blanche (Himantopus himantopus) et de passereaux comme le Bruant des roseaux (Emberiza schoeniclus) et la Gorgebleue à miroir (Luscinia svecica)
- les zones buissonnantes qui accueillent un cortège caractéristique d’espèces nicheuses de milieux semi-ouverts comme l’Hypolais ictérine (Hippolais icterina) ou la Linotte mélodieuse (Linaria cannabina) ;
- les zones bocagères qui accueillent des espèces comme la Chevêche d’Athena (Athene noctua) ou le Bruant jaune (Emberiza citrinella)
- et mêmes les zones agricoles plus conventionnelles présentes sporadiquement sur la ZNIEFF permettent la reproduction d'espèces comme l’Alouette des champs (Alauda arvensis) et la Perdrix grise (Perdix perdix).
Cette mosaique d’habitats abrite aussi de nombreuses espèces non-reproductrices. Certaines espèces sont présentes toute l’année et trouvent dans les zones humides des habitats favorables et des ressources alimentaires intéressantes, à l'instar du Héron cendré (Ardea cinerea), de l’Aigrette garzette (Egretta garzetta) ou encore de la Mouette rieuse (Chroicocephalus ridibundus). D’autres espèces sont présentes principalement l’hiver, comme la Bécassine des marais (Gallinago gallinago) qui profite des mares prairiales pour chercher des invertébrés dans les sols humides pénétrables, ou encore des passereaux comme la Grive litorne (Turdus pilaris) ou le Pipit farlouse (Anthus pratensis) qui fréquentent volontiers les milieux herbacés espacés d’arbres.
De nombreux anatidés sont également recensés sur les différentes mares et à différentes périodes de l’année, traduisant l’intérêt du site aussi bien comme zone d’hivernage que comme point de halte migratoire printanière ou automnale. Les Sarcelles d’été (Spatula querquedula) et d’hiver (Anas crecca) ainsi que les Canards chipeau (Mareca strepera) et pilet (Anas acuta) ont ainsi été notés sur la ZNIEFF.Les vasières en bordure de mare sont enfin prisées par plusieurs limicoles de passage sur le site au printemps et à l’automne : les Chevaliers guignette (Actitis hypoleucos) et gambette (Tringa totanus) ont plusieurs fois été recensés, tout comme la Barge à queue noire (Limosa limosa). Cette dernière était d’ailleurs nicheuse sur la zone jusqu’aux années 1990.
La mosaique d'habitats de la zone est également favorable à de nombreuse espèces d'insectes liés aux haies, aux pâtures et au prairies humides. On peut observer un cortège important d'Orthoptères typique des prairies mésophiles ou hygrophiles. Parmi les espèces déterminantes, le Criquet marginé (Chorthippus albomarginatus) semble bien présent sur l'ensemble de la zone, tant dans les parties les plus humides que les pâtures mésophiles. D'autres espèce comme le Conocéphale des roseaux (Conocephalus dorsalis) sont plus exigeants. Ils nécessitent un milieu humide à très humide et la présence d'hélophytes ou de mégaphorbiaies. Le cortège de Libellules est également relativement important avec 17 espèces typiques des milieux lentiques qui profitent des mares pour se reproduire et des prairies pour chasser. Parmi celles-ci, 3 espèces d'Odonates sont déterminantes : le Symétrum méridional (Sympetrum meridionale), l'Agrion joli (Coenagrion pulchellum) et le Leste sauvage (Lestes barbarus).
Cette ZNIEFF de type 2, constituée principalement de milieux prairiaux situés dans le lit majeur de l'Yser, longe ce dernier depuis l’autoroute A25 à l’ouest jusqu’à la frontière belge à l’est. Au sud, elle longe les quelques affluents de l’Yser (la Petite Becque, le ruisseau d’Herzeele et la Becque de Braems). Les parcelles cultivées ne font autant que possible pas partie de la ZNIEFF.
