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Le chapelet d'étangs d'Es Ile de Magny se compose de quatre étangs rectangulaires accolés au canal du Rhône au Rhin qui marque la limite nord de la ZNIEFF. Ces quatre étangs accueillent des plantes aquatiques remarquables comme Eleocharis acicularius, Elatine hexandra et Najas minor, plantes typiques des étangs et des berges vaseuses dont les deux dernières sont également protégées en Alsace. L'étang situé le plus à l'est semble le plus extensif, avec une large bande de végétation qui recouvre la surface du plan d'eau. Ces habitats humides permettent l'expression d'insectes liés aux milieux humides comme le Leste fiancé, qui apprécie les étangs fermés. Le Criquet ensanglanté exploite les prés humides et les ourlets herbacés qui bordent les étrangs. Le régime de ces étangs semble variable avec des périodes d'assec, ce qui favorise sans doute l'expression de groupement végétaux des vasières exondées.
La délimitation de cette ZNIEFF a été définie par rapport à la répartition des espèces déterminantes et à leur habitat (étangs). Les 4 étangs en chapelet ont été pris en compte en raison de leurs relations hydraulique, et par conséquent écologique. Ils forment une entité cohérente de milieux d'eau stagnante. Les prés qui bordent ces étangs ont été intégrés car ils accueillent le Criquet ensanglanté et car ils ont également une fonctiond e sites de repos pour les Odonates (Leste fiancé). Les relations écologique / hydraulique avec la Lutter n'ont pas été clairement identifiées et c'est pourquoi la ZNIEFF n'a pas été prolongée à l'est. Des relevés herpétologiques (amphibiens notamment) seraient intéressants pour pouvoir appréhender le fonctionnement écologique entre les étangs et la vallée de la Lutter.
