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Les étangs de Guerschwiller à Pfetterhouse sont de superficie remarquable et constituent, dans la continuité des habitats humides avec le chapelet d'étangs du Tschassweiher à Seppois-le-Haut, un milieu favorable à l'expression d'une flore aquatique particulière. En effet, ces étangs artificiels présentent des habitats diversifiés avec des ceintures palustres bien développées liées à des phénomènes d'inondations/exondation temporelle (en fonction des assecs ou des curages) et à une forte connectivité entre les plans d'eau (métapolulations de la végétation aquatique, notamment pour les étangs en situation de lisière forestière).
Les espèces déterminantes inventoriées entre 2009 et 2011 ne rendent pas forcément compte de la richesse floristique de ce secteur, par ailleurs déjà identifiée dans l'Inventaire des Zones Humides Remarquables du Haut-Rhin mentionne (AERU, 1995) et signalée par GILG en 1994. En effet, certaines espèces dont les données récentes manquent peuvent encore potentiellement se développer sur ces étangs (flore "nomade"), comme la rare Marsilea quadrifolia, Potamogeton trichoides, Elatine hexandra (par ailleurs présente dans de nombreux étangs alentours), Elatine triandra ou encore Eleocharis acicularis (également relativement répandue dans les étangs du Sundgau).
Par ailleurs, bien que les données récentes manquent, le site ne semble pas dénué d'intérêt herpétologique avec la présence ancienne du Sonneur à ventre jaune, et la présence fort
probable de plusieurs espèces de Tritons.
Bien que ces étangs soient aujourd'hui plus ou moins abandonnés, les menaces qui pèsent sur ce site sont l'intensification de la gestion piscicole et des aménagements hydrauliques (des aménagements comme la reprise des berges ou la régulation des niveaux d'eau ont déjà conduit à la disparition d'espèces végétales remarquables) et les risques de pollution.
L'intérêt de cette ZNIEFF étant essentiellement floristique, le périmètre est centré sur les étangs et les plantes aquatiques déterminantes, avec prise en compte d'une zone tampon boisée pour des raisons de connectivité et de fonctionnalité (zones humides forestières). Les limites correspondent à la lisière forestière à l'est et au relief (topographie) en milieu forestier. Cette ZNIEFF pourrait être rattachée (ZNIEFF de type 1 éclatée) aux 2 ZNIEFF situées au nord et à celle située au sud, qui présentent la même configuration d'étangs en lisière de forêt avec Eleocharis acicularis, Elatine hexandra ou Carex bohemica.
