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Il s'agit du plus grand complexe d'étangs du Sundgau alsacien. Les étangs (Landfurstenweiher, Kleiner Burgerweiher, Niederweiher, Grossburgweiher, Hennelenweiher, Largweiher, et alentours) dénommés également étangs Nérac pour les 5 plus importants, ont été créés à l'origine pour la pisciculture (élevage de Carpes). Cette région est en effet très propice aux étangs : on compte ainsi près de 800 ha d’étangs dans la vallée de la Largue, dont nombre d'entre eux ont aujourd'hui une vocation de pêche et de loisir. De par leur morphologie très peu diversifiée et leur taille restreinte, la plupart des étangs du Sundgau présentent une biodiversité extrêmement faible. Les étangs Nérac font exception à cette règle. Datant du XVIIème siècle, cet ensemble de 5 étangs, d’une vingtaine d’hectares environ, constitue un milieu de transition entre la forêt de Hêtres et les cultures. Exploités jusque dans les années 1970, ils furent ensuite cédés au Conseil Général du Haut-Rhin au début des années 1990. Leur taille et l’absence d’entretien pendant plusieurs années leur ont permis d’évoluer vers une plus grande naturalité, malgré leur morphologie typique d’étangs de pêche du Sundgau. Ainsi, leurs berges abruptes ne permettaient que l’installation d’une mince bande de végétation rivulaire et les niveaux d’eau constants ainsi que la faible diversité d’habitats n’étaient pas propices à l’exploitation des étangs par une faune variée. Mais depuis 2003, un programme de restauration a été lancé par le Conseil Général du Haut-Rhin afin de rétablir une dynamique plus naturelle, favorisant le retour de la biodiversité (en diversifiant au maximum des habitats présents, et donc la faune et la flore qu’ils abritent) et une meilleure fonctionnalité du site (en limitant les arrivées de substances polluantes dans les étangs, grâce à l’action de la végétation et à la création de zones tampons). Les étangs subissent saisonnièrement des phénomènes de marnage ou bien de vidange (environ tous les 3 ans) qui permettent l'installation d'une flore annuelle très caractéristique des ceintures palustres (végétation des vasières exondées, nanocyperion) avec de nombreuses espèces patrimoniales.
Par ailleurs, la plupart des autres étangs forestiers sont davantage dégradés, mais leur position géographique, en enclave forestière, attire de nombreux oiseaux en migration, comme le Bihoreau gris. C'est également un secteur où la concentration de Milans royaux est relativement importante, et constante à l'échelle du Sundgau.
L'intérêt de la ZNIEFF est également herpétologique avec la présence de Tritons et de Grenouilles (Rainette verte) qui trouvent dans ce secteur l'ensemble des éléments favorables à l'accomplissement de leur cycle biologique et un continuum forestier avec peu d'obstacles pour leurs déplacements. Des mares ont par ailleurs été créées par le Conseil Général en bordure des étangs pour favoriser leur reproduction à l'abri de la faune piscicole.
Trapa natans semble avoir été introduite à partir d'individus francs-comtois en provenance de Suarce (comm. A. PIERNE).
Concernant les menaces, le mauvais entretien des étangs privés notamment pourrait entraîner une pollution du cours d'eau situé en aval, ou encore la modernisation de la pêche (pisciculture avec gestion des étangs plus intensive, eutrophisation, pollutions), pourrait altérer les milieux. Le secteur figure à l'inventaire départemental des Zones Humides Remarquables.
La ZNIEFF s'articule principalement autour des étangs Nérac, inventoriés comme Zone Humide Remarquable du Haut-Rhin et indiqués par GILG en 1993, mais intègre également les étangs voisins, qui abritent également les plantes aquatiques déterminantes et qui constituent un réseau écologique fonctionnel (lien avec les cours d'eau et les espèces animales qui essaiment les graines). Les limites ont été choisies sur la base des concentrations de points. Il n'est pas à exclure que d'autres étangs puissent accueillir les plantes aquatiques déterminantes, mais en l'absence de donnée, il a été choisi de proposer l'ensemble du massif et des étangs en ZNIEFF 2, notamment pour cette raison. Les boisements de feuillus qui bordent les étangs ont également été intégrés car, outre le fait qu'ils servent, en lisière, de site de reproduction au Milan royal, ils jouent surtout un rôle important de continuum d'habitat pour les Batraciens (Rainette verte, Triton palmé, Triton alpestre), les Reptiles (Lézard des murailles, Lézard vivipare) ou encore pour le Blaireau, très présent dans le massif. Les milieux agricoles, le plus souvent constitués de cultures extensives à l'est, n'ont pas été intégrés car n'appartenant pas à la même unité écologique et paysagère, même si certaines espèces comme les Reptiles, le Blaireau ou le Milan royal y chassent pour se nourrir.
