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Le complexe de petits étangs de Friesen et Hindlingen, abrite une flore aquatique particulièrement remarquable au niveau alsacien, relicte de communautés végétales disparues ailleurs en Alsace (principalement sur le Rhin comme Marsilea quadrifolia). En effet, ces étangs artificiels proviennent de zones humides naturelles qui ont été transformées, parfois avec des aménagements très anciens (néolithique). Ces étangs forestiers et de lisière, sur sols lessivés dégradés sur limons argileux, présentent une qualité habitationnelle remarquable par rapport à d'autres étangs moins diversifiés: ceintures palustres bien développées, phénomènes d'inondations/exondation temporelle (en fonction des assecs ou des curages) et spatiales des vasières, forte connectivité entre les plans d'eau (métapolulations de la végétation aquatique, notamment pour les étangs en situation de lisière forestière).
Les espèces déterminantes inventoriées entre 2000 et 2011 ne rendent pas forcément compte de la richesse floristique de ce secteur. En effet, l'Inventaire des Zones Humides Remarquables du Haut-Rhin mentionne, en 1995 (AERU), la présence de Trapa natans, Lindernia procumbens, Pilularia globulifera, Anagallis minima, Utricularia australis, Peplis portula et une station ancienne de Schoenoplectus mucronatus.Par ailleurs, bien que les données récentes manquent, le site ne semble pas dénué d'intérêt herpétologique avec la présence ancienne du Sonneur à ventre jaune et de la très rare Grenouille des champs (observée de 1974 à 1981 dans quelqaues étangs du sundgau, mais non revue depuis malgré les recherches), et la présence fort probable de plusieurs espèces de Tritons.
Bien que ces étangs soient aujourd'hui plus ou moins abandonnés, les menaces qui pèsent sur ce site sont l'intensification de la gestion piscicole et des aménagements hydrauliques (des aménagements comme la reprise des berges ou la régulation des niveaux d'eau ont déjà conduit à la disparition d'espèces végétales remarquables) et les risques de pollution.
Le périmètre de la ZNIEFF est centré sur les étangs et les plantes aquatiques déterminantes, avec prise en compte d'une zone tampon boisée pour des raisons de connectivité et de fonctionnalité (zones humides forestières). Cette ZNIEFF pourrait être rattachée (ZNIEFF de type 1 éclatée) aux 3 ZNIEFF situées au sud, qui présentent la même configuration d'étangs en lisière de forêt avec Eleocharis acicularis, Elatine hexandra ou Carex bohemica.
