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La Largue prend sa source à environ 570 m d’altitude, puis conflue après 50 km dans l’Ill. Trois tronçons peuvent être distingués : l’amont de la source dans le massif jurassien (de Winkel à Levoncourt), la partie orientée vers le nord-ouest jusqu’à Dannemarie où la rivière a généré un petit lit majeur ; le dernier tronçon où la rivière sinue dans un vaste lit majeur vers le nord-est et l’Ill. C’est dans sa partie médiane que le lit mineur de la Largue est le plus actif avec des sapements et des annexes hydrauliques. Le Schéma d'Aménagement et de Gestion des Eaux (SAGE) de la Largue estime « les zones inondables relativement bien conservées » le long de la Largue et de surcroît, protégées par le Plan de Prévention des Risques d'Inondation (PPRI). De nombreux étangs ont été aménagés dans son basin versant (287 km²), particulièrement dans le lit majeur entre Courtavon et Friesen. Ces étangs qui piègent une partie de la charge solide et réchauffent l’eau du lit mineur ont généralement peu de valeur biologique. La partie amont du lit majeur est exploitée en prairies permanentes (élevage laitier), alors qu’à l’aval de Dannemarie, les parcelles en céréales et en prairie temporaire réduisent ou amenuisent la qualité des prairies. De nombreuses zones humides ont été supprimées ou dégradées par la création d'étangs ou de drainages agricoles (SAGE de la Largue, 1999). Un urbanisme diffus peut affecter localement les marges du lit majeur et ses habitats naturels, ainsi que des projets d’infrastructures routières. Les eaux courantes présentent vraisemblablement des tronçons de rivière à Renoncule flottante et quelques annexes développent des végétations à macrophytes aquatiques remarquables mais l’ensemble est de faible recouvrement. Les habitats déterminants les plus développés sont les fragments de boisements alluviaux, en particulier l’Aulnaie-Frênaie. Les prés
mésohygrophiles sont les habitats les plus recouvrants du lit majeur et les habitats déterminants y sont très rares. Les poissons remarquables sont la Lamproie de planer et le Chabot (également présents sur tout le cours de la Largue) à l’amont, l’Anguille et la Bouvière à l’aval de Dannemarie (Fédération de pêche du Haut-Rhin, 2009). Le lit mineur de la Largue a été colonisé par le Castor, depuis les lâchers sur la Doller, et compterait entre 15 et 30 individus de Mooslargue à Spechbach-le-bas. A l’aval de Friesen, deux espèces d’insectes sont signalées : le Cuivré des marais (Lépidoptère diurne) et l’Agrion de Mercure (Odonate). Le lit majeur de la Largue, où les prairies humides et mésohygrophiles restent majoritaires, apparaît important pour la population de Cuivré des marais. Le Courlis cendré, typique des prés inondables et humides du lit majeur, est en situation précaire mais semble se maintenir autour de Gommersdorf et Buethwiller.
Le Syndicat Mixte pour l’Aménagement et la Renaturation de la Largue (SMARL) vise une « reconquête de la qualité des cours d’eau et des milieux aquatiques » conforme aux objectifs de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE). Le SMARL s’engage également dans la connaissance et la gestion des zones humides du bassin versant et en particulier des zones humides alluviales sur le cours principal. La qualité des zones humides à l’aval étant fortement conditionnée par les pratiques agricoles, les MAET contractualisées dans le cadre du site Natura 2000 devraient améliorer la situation.
La délimitation de la ZNIEFF, centrée essentiellement sur des espèces aquatiques, intègre le lit mineur de la rivière, ses berges et sa ripisylve, ainsi que, localement, d'anciennes annexes hydrauliques, mortes ou diffluences. La largeur du zonage atteint environ 50m. Le périmètre contient l'ensemble du cours d'eau, de sa source à sa confluence avec l'Ill, afin d'appuyer sa fonction de corridor écologique, basée sur la continuité des milieux aquatiques, malgré la présence de seuils, les traversées d'agglomérations ou d'infrastructures de transport. En effet, certaines espèces, comme les amphibiens, les Odonates ou le Castor, peuvent s'affranchir de ces obstacles. La fonction de corridor et la continuité écologique de la rivière constituent les principaux éléments ayant guidé le chois du zonage. Entre Courtavon et Oberlarg, le périmètre s'étend de part et d'autre de la ripisylve, dans les prés afin de tenir compte des relations entre écosystème aquatique et écosystème terrestre, en l'absence, sur ce tronçon, de ZNIEFF de type II. Le Grumbach, affluent en rive droite de la Largue, fait également partie du périmètre, des espèces déterminantes s'y développant également.
