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Située dans l'axe et au carrefour biogéographique de la Porte d’Alsace-Bourgogne et appartenant au bassin du Rhône, le vallon de la Gruebaine/Riedingersgraben est constitué d'une mosaïque de milieux humides: étangs plus ou moins anciens, forêts humides, ornières et cours d'eau, reposant sur des alluvions récentes limoneuses très hydromorphes (lehms). La forêt est composée de feuillus de la série du Hêtre (Hêtraie-Chênaie à Charmes) et de quelques plantations de résineux.
Les étangs, bien qu'artificialisés, présentent des atouts patrimoniaux biologiques mais surtout un intérêt biogéographique avec une position septentrionale par rapport au vaste secteur des étangs du Sundgau. Longitudinal, le site présente une hydromorphie Continue avec des variations (queue d’étang, vasières exondées, ruisseau de la Gruebaine, chapelet d'étangs,etc.) et une mosaïque d'habitats (ceintures palustres, vases exondées soumises au battement de la nappe, friches humides, écotones, prés de fauche colonisés par des laîches, mégaphorbiaies, phragmitaieres, etc.) qui permettent l'expression de nombreuses espèces patrimoniales, notamment floristiques.
La Marsilée à quatre feuilles (population relictuelle,
mais espèce « à éclipses » : elle semble parfois disparaître pour réapparaître ensuite de manière spectaculaire (jusqu’à plusieurs années après) et le Scirpe ovoïde sont sans doute les 2 espèces
les plus remarquables du site et sont exclusivement mentionnées sur l'Etang du Milieu.
L'intérêt faunistique réside également dans la richesse spécifique de la zone, qui a toutefois régressé
depuis une vingtaine d'années.
Les zones humides du secteur sont une halte migratoire pour de nombreux oiseaux d'eau ou encore le Milan noir. La mosaïque d'habitats humides, ouverts et boisés est favorables à de nombreuses espèces d'amphibiens qui trouvent l'ensemble des conditions pour accomplir leur cycle vital. GILG (CSA, 1994) indiquait également la présence et la reproduction du Sonneur à ventre jaune, du Tarier des prés, du Vanneau huppé et du Milan royal dans le secteur de l’Étang du Milieu et la présence de la Pie-grièche grise (en hiver).
Ce secteur d'intérêt écologique est convoité par les collectivités (Communes, Conseil Général) afin de pouvoir maîtriser le foncier et de procéder à des opérations de renaturation et certaines parcelles (prairies humides, étangs) sont gérés par le CSA, qui y applique une gestion conservatoire (ex: fauche tardive des prés pour l’accueil des oiseaux notamment). La construction du canal Rhin-Rhône, au cours du 19ème siècle, a très fortement modifié le fonctionnement
hydrologique du secteur avec notamment un détournement de la Gruebaine pour l’alimentation du canal. Aujourd'hui, les menaces concernent notamment le caractère privé de nombreux étangs (aménagements parfois très artificiels, risques de pollution des cours d'eau et de la nappe) et le retournement de prairies en cultures annuelles (drainage, perte d'habitats pour les oiseaux et les insectes liés aux zones humides).
La délimitation de la zone est en premier lieu basée sur le vallon de la Gruebaine avec les chapelets d'étangs qui accueillent les plantes aquatiques déterminantes et qui constitue un axe de déplacement (corridor) nord-sud qui butte contre la voie ferrée au sud. Les prés humides et inondables ont été pris en compte pour leur intérêt entomologique et hydraulique tout en évitant d'intégrer les cultures annuelles. Aussi, afin d'englober les milieux nécessaires au bon accomplissement du cycle vital des amphibiens, le versant forestier en rive gauche de la Gruebaine a été inclus au périmètre sur un tampon d'environ 100m de chaque côté de la rivière. Les limites du site se calent donc sur ces milieux mais également sur des éléments du paysage comme les chemins, les lisières et les lignes de niveau pour définir une entité cohérente répondant aux exigences écologiques des espèces déterminantes. Des échanges ne sont toutefois pas à exclure avec l'extérieur de la zone, mais les données se font plus rares autour du périmètre ainsi défini.
