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La ZNIEFF de la carrière d'Altkirch en activité, constitue un site anthropique où se reproduit notamment une faune technophile qui se développe principalement sur les habitats spontanés qui s'expriment au fur et à mesure de l'exploitation de la roche. En effet, l'activité d'extraction crée des habitats secondaires favorables à plusieurs espèces déterminantes. L'intérêt pour l'avifaune réside notamment dans la présence de sites de nidification du Faucon pèlerin, depuis presque 20 ans (1994), dans les falaises artificielles (fronts de taille), mais également, depuis 1999, sur l'un des plus hauts bâtiments de la cimenterie, où la LPO a installé un nichoir spécifique en 1996. Ce nichoir a ainsi pu accueillir un couple de faucons dès 1999, lui permettant d'élever des jeunes plusieurs années de suite. Les intempéries l’ont malheureusement dégradé au point qu’il n’a rapidement servi plus que de lardoir (stockage de la nourriture). En 2011, une collaboration entre la LPO Alsace, le cimentier et les Brigades Vertes a permis l'installation d’un nouveau nichoir, placé à la même situation exceptionnelle : à 60m de hauteur, il permet en effet aux oiseaux d’avoir une vue unique sur la ville et les proies qui y sont liées (pigeons des villes, étourneaux…).
D'autres espèces déterminantes thermophiles sont présentes dans les milieux pionniers et post-pionniers offerts par les activités de la cimenterie, comme par la Coronelle lisse, le Lézard des murailles et le Crapaud calamite. Les insectes thermophiles sont présents en effectifs importants sur les talus chauds et sec exposés au sud, où l'on trouve notamment de nombreuses mantes religieuses et une espèce de cigale (Cicadeta brevipennis), observée en 2001 (M. SOLARI) ainsi que des espèces plus classiques comme Brintesia circe, Platycleis tessellata ou Sphingonotus caerulans.
La forêt d'Aspach toute proche a permis l'installation d'espèces qui ont besoin des habitats ouverts pour la reproduction et des habitats boisés pour accomplir leur cycle biologique: Sonneur à ventre jaune, Triton palmé, Lézard vivipare.
Le site ne semble a priori pas menacé, les espèces présentes cohabitant avec les activités humaines. Par ailleurs, l'exploitant a signé un accord avec l'union internationale pour la conservation de la nature et des ressources naturelles (UICN) en 2007 pour la réhabilitation de ses sites en fin d’exploitation.
Le périmètre de la zone inclut le terrain de la carrière, la forêt d'Aspach avec sa lisière ainsi que le versant sud du Rebberg. La délimitation se base notamment sur la répartition des espèces et les habitats présents mais aussi sur la topographie (lignes de niveaux). L'ensemble, relativement circonscrit et cohérent dans l'espace, comporte une mosaïque d'habitats permettant à l'ensemble des espèces observées de réaliser leur cycle biologique, avec notamment les espaces ouverts (pionniers et post-pionniers) de la carrière et le petit massif forestier au nord. Les zones de chasse du Faucon pélerin n'ont pas été intégrées à la ZNIEFF 1 (large territoire, ici essentiellement composé de grandes cultures de faible intérêt écologique).
