Région karstique par excellence, la Franche-Comté est très riche en habitats souterrains. Qu'ils soient grottes naturelles, anciennes mines ou zones de fissure du karst, les habitats souterrains présentent toujours les mêmes caractéristiques : obscurité d'où l'absence de photopériode, variations de température atténuées, hygrométrie proche de la saturation et disponibilité alimentaire limitée.
L'intérêt patrimonial des habitats souterrains réside surtout dans leur faune extrêmement originale et spécialisée. Le groupe zoologique le mieux connu est celui des chauves-souris pour lequel 28 espèces sont dénombrées en Franche-Comté la plaçant ainsi parmi les régions les plus riches de France (33 espèces). Cette richesse s'explique par la situation de notre région placée à la confluence de différents climats (continental, océanique et méditerranéen). Toutes les espèces ne sont pas cavernicoles, mais un certain nombre passent une partie ou la totalité de leur cycle biologique sous terre : hibernation, reproduction ou transit. Pour plusieurs d'entre elles, la période estivale, correspondant à la mise bas des femelles, se déroule dans des sites artificiels (bâti) ou arboricoles (décollements d'écorces, trous de pics).
Les terrains de chasse changent régulièrement au cours de l'année en fonction des concentrations d'insectes et ce sont les biotopes de transition qui assurent les meilleurs garde-manger : haies, cours d'eau, zones humides, lisières forestières et forêts. Il s'ensuit généralement des changements de sites, constants et étroitement liés au rythme biologique. Les distances entre ces gîtes sont variables : de 200 kilomètres pour le minioptère de Schreibers, elles n'excèdent pas 5 à 10 kilomètres pour le petit rhinolophe. Une fidélité aux gîtes d'hiver et de mise bas est généralement constatée pour plusieurs espèces.
Le gouffre de pourpevelle, connu depuis 1940, accueille un peuplement de chauves-souris qui trouvent ici un milieu favorable. Site spéléologique très connu, la fréquentation paraît assez importante malgré un accès difficile lié au puits d'accès. Accèdant par un gouffre d'une soixantaine de mètre, la grotte s'étend ensuite par un réseau de galeries de plusieurs kilomètres. Cette cavité abrite aujourd'hui plusieurs espèces de chauves-souris durant la période hivernale. Les effectifs toutes espèces confondues dépassent la centaine d'individus durant l'hiver. Son rôle en période de transit ou d'estivage est important en particulier pour le minioptère de Schreibers pour lequel on peut compter jusqu'à 300 individus. En été, les observations réalisées en 2007, montre que la cavité joue également un rôle important pour la reproduction du grand murin, plus d'une cinquantaine d'individus ayant été comptés et des jeunes observés. La colonie est installée dans des conditions très inhabituelles : près de 400 mètres sous terre à une température beaucoup plus fraîche que d'habitude (autour de 10°C). L'intérêt de cette cavité est départemental (indice chiroptérologique de 48).
STATUT DE PROTECTION
Le gouffre de Pourpevelle n'est pas protégé réglementairement. Toutefois, l'arrêté ministériel du 23 avril 2007 assure une protection stricte des espèces et interdit la destruction ou l'altération des sites de reproduction ou des aires de repos.
OBJECTIFS DE PRESERVATION
Le gouffre de Pourpevelle est particulièrement vulnérable d'avril à fin août et d'octobre à mars, périodes durant lesquelles une tranquillité est requise dans les secteurs où les colonies sont installées. Au vu des difficultés d'accès (gouffre d'une soixantaine de mètres), la fréquentation de ce site est liée aux activités spéléologiques. Au regard des populations présentes dans le site et la taille des réseaux karstiques, une fréquentation respectueuse de la cavité n'est pas incompatible avec le maintien des populations de chauves-souris si bien qu'une protection réglementaire n'est pas nécessaire en l'état.