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Certaines relevant de groupement très hygrophiles (Eleocharistetalia palustris) montrent la nivéole d'été comme à Villers-Farlay ou Belmont. Cette espèce, présente dans 4 stations en Franche-Comté, est très localisée en France. En raison de sa grande rareté, elle est protégée de même que ses biotopes.
Sur le plan piscicole, l'inventaire conduit en 2003/2004 montre que l'apron est présent de Quingey à Champagne-sur-Loue (8 stations répertoriées sur le secteur). Par contre, il a disparu de stations situées plus en aval, où sa présence était attestée lors de l'inventaire 1965/1972 (stations notées au niveau de Ounans, Chissey-sur-Loue, Arc-et-Senans et Port-Lesney).
L'avifaune recensée sur la zone présente plusieurs espèces particulièrement intéressantes, exploitant des biotopes particuliers.
L'engoulevent d'Europe a été contacté à l'ouest de Quingey, dans le secteur de la pelouse des Roches, entre la Loue et le bois de Moini. Le busard Saint-Martin est noté dans une zone boisée un peu plus au sud (entre le bois de Moini et le Grand Bois), au niveau de l'île Oiron. Toutefois, il utilise des espaces ouverts pour sa nidification. L'alouette lulu est recensée également à Quingey, à l'ouest (pelouse des Roches) et au nord vers les Vertes Epines, ainsi que sur le coteau entre le bois du Peu et le moulin de Brères (commune de Mesmay). Elle est signalée aussi à l'est du village de Buffard (hors ZNIEFF).
L'hirondelle de rivage a formé des colonies sur cette zone en trois sites : au nord et au sud de l'île d'Oiron, au niveau de Lavans-Quingey , et au sud de Chay. Cette espèce creuse des galeries dans les berges abruptes composées de sédiments meubles pour y nidifier. Le guêpier d'Europe, quant à lui, a été contacté également au sud de Chay (secteur de la Corvée de Champagne).
