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Commentaire général
L'Ain prend sa source à 680 mètres d’altitude, à cheval sur les communes de Conte et de la Favière, sur le Plateau de Nozeroy. Si la partie amont de son cours s’écoule dans une vallée très resserrée puis un peu plus large, le tracé s’étire plus mollement lorsqu’il débouche dans la vaste Combe d’Ain, à l’ouest de Champagnole, sur la commune de Crotenay. Après un périple d’environ 190 kilomètres, il se jette dans le Rhône à St-Maurice de Gourdans, dans le département de l’Ain. Entre les forges de Bourg-de-Sirod et celles de Syam, le cours d’eau subit moins de contraintes géomorphologiques d’où un élargissement de la plaine alluviale.
Le fond de la vallée est occupé par un ensemble de prairies humides qui hébergent la fritillaire pintade, protégée en Franche-Comté. Ces prairies sont ponctuées de communautés végétales à « grandes herbes », les mégaphorbiaies, qui recèlent une autre plante d’intérêt patrimonial, la campanule à larges feuilles, espèce rare, recensée dans une trentaine de stations en Franche-Comté où elle est protégée. L’interface entre prairies et milieu aquatique est assuré par des saulaies blanches où le physocarpe à feuilles d’obier, espèce introduite et naturalisée, est en train de prendre le pas sur les rives de l’Ain. Ce dernier présente une qualité des eaux assez bonne à pollution modérée. Si le chabot est encore bien présent, l'ombre et la truite sont en régression.
Les pentes qui bordent la rivière sont assez abruptes, faisant apparaître une belle opposition de versants. En adret, c’est la hêtraie thermophile à laîche blanche qui occupe la majeure partie de la surface. Lorsqu’on se rapproche des corniches, le chêne pubescent fait son apparition parmi les hêtres tortueux. Ces corniches, bien exposées, sont colonisées par des groupements ras de pelouses xérothermophiles, le plus souvent en bande étroite. Le passage vers la forêt de plateau est assuré par des ourlets à géranium sanguin et des fruticées thermophiles à coronille arbrisseau et amélanchier. Les parois verticales sont le siège d’une végétation chasmophytique, se développant au gré des petites anfractuosités. À l’opposé, sur les versants plus ombragés, les conditions microclimatiques à hygrométrie de l’air assez élevée font la part belle à la hêtraie à tilleul hygrosciaphile, développée sur des éboulis plus ou moins grossiers en contrebas des corniches. Enfin, la partie inférieure des versants, sur des sols riches en éléments nutritifs et profonds, accueille les hêtraies et hêtraies-sapinières neutrophiles à orge d’Europe. L’ensemble de ces habitats est reconnu d’intérêt communautaire en Europe. En outre, les forêts neutrophiles abritent deux espèces protégées au niveau régional : la circée intermédiaire et la bardane des bois.
Dans cette vallée aux conditions si particulières, la faune présente également un intérêt non négligeable. Ainsi, le faucon pèlerin y a élu domicile. Le milan royal est également souvent observé dans le secteur. Ces deux espèces sont protégées en France.
Statut de protection
Ce secteur bénéficie d’un arrêté préfectoral de protection de biotope (n°623 du 02/06/82) en vue de la protection du faucon pèlerin. La présence d’espèces végétales protégées en Franche-Comté et d’oiseaux protégés au niveau national assure indirectement la protection de ce site puisque tout acte de destruction à l’encontre de ces espèces et de leur biotope est interdit (arrêtés ministériels des 20.01.82, 22.06.92 et 29.10.09).
Objectifs de préservation
Le site de la vallée de l’Ain en aval de Bourg-de-Sirod compte encore de nombreux habitats en bon état de conservation. Afin d’en assurer la pérennité et celle des espèces qui leur sont inféodées, la gestion forestière tout comme l’entretien des prairies humides en fond de vallée doivent être assurés avec précaution. On fera de même avec le développement du physocarpe.
Les falaises accueillant le faucon pèlerin sont soumises à certaines interdictions comme la pratique d’activités sportives ou sylvicoles entre le 15 février et le 15 juin afin de ménager les oiseaux lors de la période de nidification.
