Habitats représentés : - Habitats d'eaux douces
- Habitats rocheux
- Formations herbacées naturelles et semi-naturelles
- Fruticées - Forêts.
La Bienne naît de la confluence du Bief de la Chaille et de la Biennette, à 1300 m d'altitude. Le long de 62 km, elle draine un bassin hydrologique d'une superficie d'environ 730 kilomètres carrés qui s'étend de la limite départementale Doubs-Jura, au Nord à la région d'Oyonnax au Sud. Son ossature est constituée par les séries calcaires du Jurassique moyen et supérieur .
Les formations d'âges Crétacé et Tertiaire tapissent généralement le fond des grandes dépressions synclinales dans lesquelles les dépôts glaciaires occupent d'assez grandes surfaces (basse vallée en aval de Vaux-les-Saint-Claude, les Rousses, Morbier, la Rixouse...)
La basse vallée de la Bienne (en aval de Vaux-les-Saint-Claude) correspond sensiblement à la limite de la chaîne plissée en Bordure du second plateau. Elle borde au Sud la vallée de l'Ain, occupée actuellement par la retenue de vouglans. dans cette partie du cours de la Bienne, la vallée s'élargit et la pente est très faible ; son cours forme des méandres où, lors des grosses crues, les érosions de berges peuvent être intenses. La compétences de la rivière dans cette zone permet le charriage et la formation de grèves sur les rives convexes.
D'un point de vue hydrologique, la basse vallée de la Bienne est de type pluvional océanique. Au coeur de l'été, d'importantes précipitations orageuses peuvent entraîner une forte montée des eaux.
Cette zone, ainsi que le complexe riverain, présence une richesse et une diversité importante avec :
- des groupements herbacés aquatiques ou grèves,
- des groupements de forêts à bois tendres,
- un groupement forestier à bois durs.
En périphérie, au contact de l'écocomplexe alluvial, mais à l'écart du dynamisme fluvial, divers groupements herbacés et ligneux.
La Saulaie blanche du Salicetum albae, les deux saulaies arbustives du Salicetum triandro-viminalis et du Salicetum elaeagno-purpurae, ainsi que l'Aceri-Fraxinetum sont toutes en annexe I de la directive habitats. La Saulaie blanche, en particulier, est un groupement en voie de disparition en France dont la conservation passe surtout par la pérennisation du complexe dynamique fluvial.
Le Salicetum elaeagno-purpureae est une rare association pré-alpine localisée en France aux vallée du Rhin, du Rhône et des affluents de ce dernier. Situé dans la Vallée de la Bienne à sa limite d'extension, il présente ici un réel intérêt biogéographique.
Tous ces groupements ligneux possèdent une grande valeur paysagère dans la Basse vallée de la Bienne où ils jouent un rôle primordial dans la structuration des paysages. Il ne faut pas oublier l'importance aussi de ce liseré pour la protection des rives : les arbres et les arbustes offrent un ancrage précieux aux terrains soumis à l'action incessante des eaux courantes.
Parmi les groupements herbacés, notons l'intérêt patrimonial de l'Equiseto-Brometum, association rare et en voie de disparition, qui n'est connue qu'en trois endroits dans le Jura : vallée de l'Ain à Oussiat et Saint-Maurice de Rémens, Vallée du Doubs à Champvermol. En effet, ce groupement occupe les meilleurs sols des terrasses alluviales, zones susceptibles de donner de bons résultats agricoles, après maîtrise des inondations. En basse vallée de la Bienne, ce groupement est relictuel (quelques ares), localisé uniquement à Vaux-les-Saint-Claude (lieu-dit "les Pies").
D'un point de vue floristique, la vallée de la Bienne se distingue surtout par l'intérêt biogéographique de certaines espèces, dont les seules localités franc-comtoises sont souvent uniquement bressane (Melilotus altissima, Cyperus fuscus, Scirpus holoschoenus, Leersia orysoides,...), stations bressanes parfois peu nombreuses . Des prospections complémentaires devront probablement permettre de prouver la présence d'espèces protégées, en axant plus particulièrement les recherches dans l'érablaie-frênaie et les groupements de grèves.
OBJECTIFS DE PRESERVATION ET DE GESTION A PROMOUVOIR
La conservation des groupements de l'écocomplexe alluviale de la Bienne passe par un maintien des caractères dynamiques de la rivière (s'ils ne présentent pas de danger pour les populations).
Si les saulaies arbustives et arborescentes ne présentent pas la fonction de production, les potentialités forestières représentées par l'érablaie-frênaie ne sont pas nulles. Les frênes et érables sont en effet de qualité. Le seul problème réside dans la faible extension de la forêt riveraine et des problèmes d'exploitation. Si la gestion économique est localement désirée (bien que le maintien en état serait plus souhaitable), l'exploitation ne devra pas dépasser le tiers du couvert. la gestion devra se faire en bouquets, en jouant sur le dynamisme et les stratégies de reproduction des essences. La coupes à blanc, appliquée encore localement, ne convient absolument pas à ce type de forêt et hypothèque en plus fortement la pérennité du groupement (invasion immédiate des espaces ouverts par des espèces pionnières très recouvrantes qui gênent la régénération naturelle).
L'envahissement par des taxons allochtones est relativement sensible dans la Basse vallée de la Bienne. Les espèces les plus envahissantes sont les suivantes : Erigeron canadensis, Impatiens glandulifera, Helianthus tuberosus, Reynoutria japonica.
En matière de prévention, il faut éviter de laisser les sols nus qui seraient rapidement colonisés (bannir les coupes à blanc et limiter spatialement les carrières). Sur le plan de la restauration, il convient de réfléchir aux impacts et à la place de chaque espèce dans les écosystèmes, afin de concentrer son effort sur les espèces prioritaires. En effet, il peut être inutile de lutter contre des espèces certes indésirables, mais dont l'importance est relativement fugace parce qu'elles sont relayées par des espèces indigènes (cas des espèces pionnières comme Erigeron canadensis). Pour la Renouée du Japon, dont la présence dans l'écosystème alluvial semble durable, le problème semble crucial. De part son caractère monopoliste, son impact sur les écosystèmes peut être important dans l'avenir. Dans les secteurs envahis, la seule solution radicale consiste en une fauche (juin), suivi du recouvrement du sol par une bâche plastique noire (juin-octobre), puis du semis de graines de plantes indigènes.