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Région karstique par excellence, la Franche-Comté est très riche en habitats souterrains. Qu'ils soient grottes naturelles, anciennes mines ou zones de fissure du karst, les habitats souterrains présentent toujours les mêmes caractéristiques : obscurité d'où l'absence de photopériode, variations de température atténuées, hygrométrie proche de la saturation et disponibilité alimentaire limitée.
L'intérêt patrimonial des habitats souterrains réside surtout dans leur faune extrêmement originale et spécialisée. Le groupe zoologique le mieux connu est celui des chauves-souris pour lequel 28 espèces sont dénombrées en Franche-Comté la plaçant ainsi parmi les régions les plus riches de France (33 espèces). Cette richesse s'explique par la situation de notre région placée à la confluence de différents climats (continental, océanique et méditerranéen). Toutes les espèces ne sont pas cavernicoles, mais un certain nombre passent une partie ou la totalité de leur cycle biologique sous terre : hibernation, reproduction ou transit. Pour plusieurs d'entre elles, la période estivale, correspondant à la mise bas des femelles, se déroule dans des sites artificiels (bâti) ou arboricoles (décollements d'écorces, trous de pics).
Les terrains de chasse changent régulièrement au cours de l'année en fonction des concentrations d'insectes et ce sont les biotopes de transition qui assurent les meilleurs garde-manger : haies, cours d'eau, zones humides, lisières forestières et forêts. Il s'ensuit généralement des changements de sites, constants et étroitement liés au rythme biologique. Les distances entre ces gîtes sont variables : de 200 kilomètres pour le minioptère de Schreibers, elles n'excèdent pas 5 à 10 kilomètres pour le petit rhinolophe. Une fidélité aux gîtes d'hiver et de mise bas est généralement constatée pour plusieurs espèces.
Le gouffre et la grotte de Vau se situent côte à côte sans communication. La grotte s'ouvre dans le domaine souterrain par deux entrées reliées entre elles et débouchant sur un réseau de galeries de dimension moyenne (4 m de large et 3 m de hauteur et une centaine de mètres de longueur). Quant à lui, le gouffre s'ouvre par un puits d'une profondeur d'environ 50 m donnant accès à un réseau de galeries relativement développé : plusieurs centaines de mètres sont utilisées par les chauves souris. Cet ensemble héberge, uniquement en période hivernale, des populations de chiroptères de sept espèces différentes. Les plus remarquables sont le grand murin, le petit rhinolophe, le grand rhinolophe et la barbastelle, reconnus d'importance européenne. La population de petit rhinolophe provient vraisemblablement de plusieurs gîtes de mise bas en bâti situés à Nans-sous-Sainte-Anne dont la Taillanderie. L'intérêt de ces cavités est départemental (indice chiroptérologique de 40). La période d'occupation des cavités varie d'octobre à mars. A l'automne et au printemps, les forêts constituent les principaux territoires de chasse.
STATUT DE PROTECTION
L'arrêté ministériel du 23 avril 2007 assure une protection stricte des espèces et interdit la destruction ou l'altération des sites de reproduction ou des aires de repos.
OBJECTIFS DE PRESERVATION
Le gouffre et la grotte de Vau sont particulièrement vulnérables d'octobre à fin mars, période durant laquelle un maximum de tranquillité est requis. Au vu des difficultés d'accès pour l'une (gouffre d'une cinquantaine de mètres), la fréquentation de ce site est liée aux activités spéléologiques. Au regard de l'évolution actuelle de la fréquentation du site en période hivernale et de l'intérêt de ce site, la protection réglementaire n'est pas nécessaire en l'état. Une surveillance de l'état des populations de ce site doit être maintenu afin de réagir rapidement en cas d'effondrement des populations présentes.
