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Région karstique par excellence, la Franche-Comté est très riche en habitats souterrains. Qu'ils soient grottes naturelles, anciennes mines ou zones de fissure du karst, les habitats souterrains présentent toujours les mêmes caractéristiques : obscurité d'où l'absence de photopériode, variations de température atténuées, hygrométrie proche de la saturation et disponibilité alimentaire limitée.
L'intérêt patrimonial des habitats souterrains réside surtout dans leur faune extrêmement originale et spécialisée. Le groupe zoologique le mieux connu est celui des chauves-souris pour lequel 28 espèces sont dénombrées en Franche-Comté la plaçant ainsi parmi les régions les plus riches de France (33 espèces). Cette richesse s'explique par la situation de notre région placée à la confluence de différents climats (continental, océanique et méditerranéen). Toutes les espèces ne sont pas cavernicoles, mais un certain nombre passent une partie ou la totalité de leur cycle biologique sous terre : hibernation, reproduction ou transit. Pour plusieurs d'entre elles, la période estivale, correspondant à la mise bas des femelles, se déroule dans des sites artificiels (bâti) ou arboricoles (décollements d'écorces, trous de pics).
Les terrains de chasse changent régulièrement au cours de l'année en fonction des concentrations d'insectes et ce sont les biotopes de transition qui assurent les meilleurs garde-manger : haies, cours d'eau, zones humides, lisières forestières et forêts. Il s'ensuit généralement des changements de sites, constants et étroitement liés au rythme biologique. Les distances entre ces gîtes sont variables : de 200 kilomètres pour le minioptère de Schreibers, elles n'excèdent pas 5 à 10 kilomètres pour le petit rhinolophe. Une fidélité aux gîtes d'hiver et de mise bas est généralement constatée pour plusieurs espèces.
Le gouffre en Charnaya s'ouvre par un puits étroit d'une profondeur d'environ 20 mètres donnant accès à une grande salle. Ce site héberge, uniquement en période hivernale, des populations de chiroptères de six espèces différentes forte d'une petite quarantaine d'individus au total. La plus remarquable est le petit rhinolophe, reconnue d'importance européenne et qui présente une population de 20 à 30 individus. L'intérêt du gouffre en Charnaya est départemental (indice chiroptérologique de 24). La période d'occupation de la cavité varie d'octobre à fin mars. La population de petit rhinolophe provient vraisemblablement de plusieurs gîtes de mise bas en bâti situés en Petite Montagne (plusieurs gîtes en ZNIEFF). A l'automne et au printemps, les forêts constituent les principaux territoires de chasse.
STATUT DE PROTECTION
Le gouffre en Charnaya n'est pas protégé réglementairement. Toutefois, l'arrêté ministériel du 23 avril 2007 assure une protection stricte des espèces et interdit la destruction ou l'altération des sites de reproduction ou des aires de repos.
OBJECTIFS DE PRESERVATION
Le gouffre en Charnaya est particulièrement vulnérable d'octobre à fin mars, période durant laquelle un maximum de tranquillité de la cavité est requis. Compte tenu de l'étroitesse du gouffre, une attention particulière doit être apportée lors des travaux d'exploitation forestière visant, en particulier, à ne pas encombrer cette entrée par des branchages.
