Les combles de l'église de Crouzet-Migette abrite une colonie de chauves souris durant la période estivale. Le Petit rhinolophe est l'unique espèce représentée. Cette colonie est composée principalement de femelles qui viennent en ce lieu pour mettre bas et élever leur unique jeune. La conservation de cette espèce menacée est prioritaire en France et en Europe. La Franche-Comté a une forte responsabilité pour la conservation de cette espèce. Ce site est d'intérêt départemental (indice chiroptérologique de 16).
Les individus sont vulnérables du mois de juin au mois d'août.
A l'échelle de la Franche-Comté, les vallées alluviales et bordures des premiers plateaux offrent des paysages variés fortement attractifs pour l'approvisionnement des chauves-souris. Il en est ainsi pour la vallée du Lison pour laquelle les récents inventaires conduits montrent qu'elle constitue l'un des cinq secteurs majeurs de présence de l'espèce.
STATUT DE PROTECTION
Ce bâtiment n'est pas protégé réglementairement. Toutefois, l'arrêté ministériel du 23 avril 2007 assure une protection stricte des espèces et interdit la destruction ou l'altération des sites de reproduction ou des aires de repos.
OBJECTIFS DE PRESERVATION
La tranquillité de la colonie doit être assurée durant la période estivale (juin à août).
Les travaux sur les toitures, le traitement des charpentes, la fréquentation humaine ou l'éclairage de l'édifice constituent d'autres menaces pour la pérennité de la colonie.
Enfin la préservation des territoires de chasse est essentielle. Le Petit rhinolophe chasse dans les milieux naturels proches du village d'où l'importance de conserver également les milieux qui leur sont favorables : ripisylve, bosquets et milieux forestiers en bordure de rivière, vergers de coteaux et bordure forestières des plateaux supérieurs.