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DESCRIPTION
De part et d’autre de la vallée de la Loue, le plateau d’Ornans est entaillé par de nombreuses reculées annexes, très digitées, telles que celle de la Bonneille. Celles-ci étant creusées dans des assises à dominante marneuse, leurs versants ont une pente relativement douce. Seuls les calcaires massifs du faciès Rauracien ont résisté et forment des escarpements bien visibles dans le paysage, comme l’éminence de Chauveroche.
En tête de bassin, le ruisseau de la Bonneille se caractérise par des eaux froides dont la qualité devrait être optimale, c'est-à-dire fraîches et oxygénées, pauvres en éléments nutritifs et non polluées. Dans ce cas, les cours d'eau abritent tout un cortège d'espèces indicatrices qui y trouvent des zones de frayères, comme la lamproie de Planer, le chabot, la truite fario ou encore la salamandre et le sonneur à ventre jaune. Ils sont également riches d'une faune invertébrée variée et très sensible aux pollutions diverses : écrevisses à pattes blanches, certains genres ou familles de perles (Perlidae, Perlodidae, Chloroperlidae…), d’éphémères (Epeorus, Habrophlebia) et de trichoptères (Odontoceridae, Brachycentridae…). Des formations tufeuses sont observées dans la partie amont.
Cette zone à caractère essentiellement forestier héberge également quelques habitats herbacés ouverts et des formations de corniche, de parois rocheuses et d’éboulis thermophiles. La juxtaposition de ces milieux contrastés confère à ce site un grand intérêt écologique et paysager.
Le secteur amont, très encaissé, héberge des systèmes boisés, différenciés selon la topographie, l’exposition et le confinement, ponctués de quelques formations herbacées hygrophiles de type mégaphorbiaie. Le vallon est occupé dans sa partie aval par des prairies mésophiles à mésohygrophiles, en partie pâturées. Le peuplement de papillons diurnes comprend notamment l’azuré du mélilot, en régression très marquée, surtout en plaine. Sur les corniches, les conditions de sécheresse et de thermophilie sont favorables à l’expression d’une chênaie pubescente, rare dans la région. Celle-ci cède la place à une pelouse xérophile à laîche humble et anthyllide des montagnes sur les rebords les mieux exposés. Cette dernière espèce, protégée en Franche-Comté, est rare dans le Doubs. La crapaudine à feuilles d'hysope et l'épervière à feuilles de buplèvre, très localisées dans la région, sont aussi mentionnées.
STATUT DE PROTECTION
Cette zone est incluse dans le réseau Natura 2000 « Vallée de la Loue » et les ruisseaux font l’objet d’un Arrêté Préfectoral de Protection de Biotope en vue de la protection réglementaire des habitats de l’écrevisse à pattes blanches et des espèces associées. En outre, la présence d’espèces protégées confère indirectement un statut de protection au milieu : la législation interdit en effet de porter atteinte aux espèces et aux milieux qui les supportent (arrêtés ministériels des 21/07/83 et 22/06/92). Enfin, ce secteur fait partie du site inscrit « Haute et Moyenne Vallée de la Loue » au titre de la loi de 1930.
OBJECTIFS DE PRESERVATION
Le ruisseau de la Bonneille fait partie de ces écosystèmes remarquables qui se sont considérablement raréfiés en Franche-Comté. D’une manière générale, ces cours d’eau de tête de bassin font trop souvent l'objet de pollutions chimiques ou organiques diffuses, de travaux anarchiques dans le lit mineur ou en bordure immédiate, de braconnage et d'alevinages intempestifs ou encore d'agressions diverses sur le bassin versant. Ce ruisseau présente encore une bonne qualité générale. Toutefois, des habitations de loisirs sont disséminées dans la partie aval du vallon, ainsi que des petits plans d’eau et des plantations de résineux, d’où des risques de rejet et de baisse du niveau de la nappe.
Les formations herbacées ouvertes sont soumises à deux types de menaces : enfrichement consécutif à l’abandon de l’exploitation sur la partie haute du vallon ou, au contraire, intensification (fertilisation, notamment) en contrebas et, par suite, banalisation.
