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La vallée du Lay est ici beaucoup plus encaissée que le long de la ZNIEFF n° 5042. De part et d'autre des affluents la rejoignent. Malgré quelques enrésinements et le retournement des prairies naturelles sur les bordures, l'ensemble conserve toute sa fonctionnalité écologique. Les coteaux sont assez escarpés, notamment au niveau de la retenue de l'Angle Guignard, où les affleurements rocheux ensoleillés sont favorables à un cortège floristique thermophile méditerranéen (la Ciste à feuille de Sauge se trouve ici dans l'une de ses seules stations du bocage vendéen). En revanche, les bois humides voient apparaître des plantes plus ombrophiles comme le Corydale solide, qui atteind en Vendée la limite occidentale de son aire de répartition. Certainesprairies ont été conservées et l'on y trouve encore la Fritillaire pintade, plante dont la ceuillette est réglementée en Vendée. La qhalité de l'eau fait qu'on trouve encore dans la vallée des espèces rares de libellules comme l'Aeschne paisible (Boyeria irene). comme dans la plupart des vallées encaissées bien conservées, Loutre et Genette sont présentes. De nombreuses découvertes restent à faire (notamment pour les Chiroptères qui fréquentent très certainement la vallée, au moins pour se nourrir).Une Zone de type 1 serait sans doute à confirmer par des prospections sur la partie amont où la vallée est particulièrement encaissée.
Fusion de deux zones de la preière génération (5040 et 5041), proches l'une de l'autre et concernant toutes les deux la vallée du lay. Le Lay sert de lien entre les deux parties bien conservée, de part et d'autre de la RN 137. Les boisements, les coteaux, les prairies humides jouxtant la vallée ont été pris en compte. Les zones urbanisées de Chantonnay et les zones cultivées marquent la limite de la zone. Les prairies isolées sont menacées par les plantations de peupliers.
