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Cette vallée, bien que subissant une très forte pression agricole, présente quelques parcelles intéressantes (coteaux boisés, prairies humides à mésophiles ensoleillées) et reste un corridor nécessaire au maintien d'un minimum de biodiversité dans ce bocage dégradé.
Parmi les vestiges de la richesse biologique de la vallée, citons le secteur situé en aval de "Fromage" et "La Rondaire" (présence de la rare Epipactis helleborine). Notons aussi la présence de Boyeria irene, libellule très peu commune en Vendée.
La Loutre fréquente encore la vallée malgré la canalisation forcée de la rivière en plusieurs endroits.
Pierre Dupont signalait en 1988 la présence spontanée de Ribes rubrum (le groseiller à grappes) (une des seules stations de Vendée). Depuis, des plantations de Ribes nigrum (cassis!) ont été réalisées le long de la Maine.
Du fait de la pression agricole et urbaine (la déviation de Saint-Georges a été construite et coupe maintenant la ZNIEFF), le milieu est fragile et il est probable que pas mal de plantes signalées en 1988 aient disparu (Trapa natans notamment).
Par rapport à la délimitation de 1998, la ZNIEFF a été réduite, afin d'exclure les milieux alentours très artificialisés (cultures et prairies intensives amandées).
En revanche, la zone a été étendue vers l'amont, jusqu'à la limite de Chavagnes-en-Paillers (prise en compte de tous les coteaux boisés et de la zone de "fromage".)
Seules les prairies humides, les coteaux et la rivière ont été conservés.
