Fleuve soumis à marée, bordé par du schorre dans la partie amont, de vasières étendues dans la partie avale et de bassins ostréicoles (claires). Zone d'exutoire d'une partie des eaux du Marais Poitevin.
Intérêt ornithologique important pour le stationnement et l'alimentation de l'avifaune aquatique (Anatidés et Laro-limicoles : Bécasseau maubèche, Barge à queue noire, Sterne caugeck...)
Intérêt ichtyologique : zone d'échange et de grossisement (Civelles d'anguilles, Mulets...).
Intérêt botanique pour les associations végétales des prés salés atlantiques.
La zone comprend l'estuaire du Lay, depuis le pont du Braud jusqu'à la mer. Les vasières rattachées à la Pointe d'Arçay font partie d'une autre ZNIEFF.