La ZNIEFF de la Forêt de Fréau est constituée à 85 % de la Forêt domaniale de Fréau. La Forêt domaniale couvre 818 ha. Trois principaux secteurs forestiers se détachent dans cette zone :
- à l'Ouest le Bois de Lémezec (134 ha) sur Poullaouen, enrésiné à environ 50 %, principalement sur sa moitié Nord et à mi-versant dans la partie Sud. Une grande unité de hêtraie-chênaie acidophile à if et houx existe au niveau du lieu-dit Parcellou, localement avec une forte abondance d'ifs. La marge boisée faisant face à l'Aulne présente une gamme variée d'habitats forestiers (saulaie hygrophile à marécageuse, localement acidiphile et tourbeuse avec des bouleaux, bois alluviaux et ripisylve neutro-acidiclines et à nouveau de la hêtraie-chenaie. Des parcelles en prairie oligo-mésotrophe à molinie et une petite lande tourbeuse diversifiée fortement enclavées seraient à préserver de tout drainage et boisements artificiels (et à préserver lors de travaux forestiers futurs). L'extension récente de la Carrière du Goasq sur ce bois présente un risque de fragilisation du corridor aquatique de l'Aulne à cet endroit, vis-à-vis de la circulation de certaines espèces (Loutre d'Europe notamment) et un facteur de dérangement supplémentaire pour la faune forestière. L'extension de la carrière n'a pas été exclue de cette ZNIEFF de type II. La fougère protégée Dryoptéris atlantique (Dryopteris aemula), est présente avec quelques pieds sur la bordure Nord du bois.
- au Nord le Bois de Guernaon (159 ha) sur Scrignac, il occupe le versant de la rive droite de l'Aulne et est en exposition Sud et est fortement enrésiné. Seules ses marges et les fonds de vallon qu'il contient sont occupés par des habitats forestiers naturels concentrant un intérêt floristique moyen. La valeur faunistique d'ensemble reste à évaluer.
- le corps principal de la Forêt de Fréau (673 ha) se poursuit vers l'Est depuis la rive gauche de l'Aulne, et a sa terminaison Est sur la commune costarmoricaine de Carnoët. D'Ouest en Est cette partie est subdivisée en Cantons du Nargoat, de la Motte, des Anciens Taillis, du Cosquer, et de Kergadiou D'importants secteurs, particulièrement dans la partie Ouest, ont été ravagés par l'ouragan de 1987 et portent actuellement des plantations jeunes de résineux ou feuillus. Environ 220 ha sont porteurs d'une hêtraie-chênaie assez mature, avec en plusieurs endroits des faciès d'intérêt communautaire affirmés, acidiphiles à acidiclines à if et houx, mais aussi faciès neutroclines à mélique et aspérule à la faveur d'un sous-sol constitué de roches basiques (métagabbros). La laîche maigre (Carex strigosa) très rare en Bretagne y possède une station.
Au moins 7 champignons récoltés dans cet ensemble forestier ont un intérêt patrimonial, il s'agit de taxons non recensés ailleurs dans le Finistère ou issus de la liste patrimoniale de Bretagne ou figurant dans la Liste rouge européenne comme Cantharellus melanoxeros et Grifola frondosa.
L'Escargot de Quimper, protégé et d'intérêt communautaire, est assez abondant par places dans l'ensemble de ce domaine forestier sous feuillus comme sous résineux. L'avifaune forestière est diversifiée et comporte en particulier l'Autour des palombes, la Bondrée apivore et le Pic mar nicheur.
Autres espèces présentes:
ABIES ALBA
ACER CAMPESTRE
ACER PSEUDOPLATANUS
AGROSTIS CURTISII
AJUGA REPTANS
ALLIUM URSINUM
ALOPECURUS GENICULATUS
ANEMONE NEMOROSA
ANGELICA SYLVESTRIS
ANTHOXANTUM ODORATUM
ANTHRISCUS SYLVESTRIS
AQUILEGIA VULGARIS
ARUM MACULATUM
BETULA PUBESCENS
BRACHYPODIUM SYLVATICUM
CALLUNA VULGARIS
CARDAMINE FLEXUOSA
CARDAMINE PRATENSIS
CAREX BINERVIS
CARE X FLACCA
CAREX LAEVIGATA
CAREX PANICULATA
CAREX PENDULA
CAREX PILULIFERA
CAREX REMOTA
CAREX SYLVATICA
CASTANEA SATIVA
CHRYSOSPLENIUM OPPOSITIFOLIUM
CIRSIUM PALUSTRE
CONOPODIUM MAJUS
CORYDALIS CLAVICULATA
CORYLUS AVELLANA
CRATAEGUS MONOGYNA
CRUCIATA LAEVIPES
CYTISUS SCOPARIUS
DACTYLIS GLOMERATA
DESCHAMPSIA CESPITOSA
DIGITALIS PURPUREA
EVONYMUS EUROPAEUS
ERICA CILIARIS
ERICA CINEREA
EUPHORBIA AMYGDALOIDES
FAGUS SYLVATICA
FILIPENDULA ULMARIA
FRAGARIA VESCA
FRAXINUS EXCELSIOR
GALIUM APARINE
GALIUM MOLLUGO
GALIUM PALUSTRE
GALIUM SAXATILE
GERANIUM ROBERTIANUM
GEUM URBANUM
GLECHOMA HEDERACEA
GLYCERIA FLUITANS
HEDERA HELIX
HERACLEUM SPHONDYLIUM
HOLCUS LANATUS
HOLCUS MOLLIS
HYACINTHOIDES NON-SCRIPTA
HYPERICUM ANDROSAEMUM
HYPERICUM PULCHRUM
ILEX AQUIFOLIUM
JUNCUS ACUTIFLORUS
JUNCUS BUFONIUS
JUNCUS BULBOSUS
JUNCUS CONGLOMERATUS
JUNCUS EFFUSUS
LAMIASTRUM GALEOBDOLON
LAPSANA COMMUNIS
LISTERA OVATA
LONICERA PERICLYMENUM
LOTUS CORNICULATUS
LUZULA CAMPESTRIS
LUZULA SYLVATICA
LYSIMACHIA NEMORUM
MELAMPYRUM PRATENSE
MELICA UNIFLORA
MERCURIALIS PERENNIS
MILIUM EFFUSUM
MOEHRINGIA TRINERVIA
MOLINIA CAERULEA
NARCISSUS PSEUDO-NARCISSUS
NARDUS STRICTA
OENANTHE CROCATA
ORCHIS MASCULA
OXALIS ACETOSELLA
PEDICULARIS SYLVATICA
PHALARIS ARUNDINACEA
PLANTAGO LANCEOLATA
POLYGONATUM MULTIFLORUM
POTENTILLA ERECTA
POTENTILLA STERILIS
PRIMULA VULGARIS
PRUNELLA VULGARIS
PRUNUS AVIUM
PRUNUS SPINOSA
PYRUS COMMUNIS
QUERCUS PETRAEA
QUERCUS ROBUR
RANUNCULUS FICARIA
RANUNCULUS FLAMMULA
RANUNCULUS OMYOPHYLLUS
RANUNCULUS REPENS
ROSA ARVENSIS
RUBUS FRUTICOSUS
RUMEX ACETOSA
RUSCUS ACULEATUS
SALIX ATROCINEREA
SALIX AURITA
SAMBUCUS NIGRA
SANICULA EUROPAEA
SCIRPUS SETACEUS
SCROPHULARIA NODOSA
SIBTHORPIA EUROPAEA
SILENE DIOICA
SORBUS AUCUPARIA
STACHYS OFFICINALIS
STELLARIA ALSINE
STELLARIA HOLOSTEA
SUCCISA PRATENSIS
SYMPHYTUM TUBEROSUM
TAMUS COMMUNIS
TAXUS BACCATA
TEUCRIUM SCORODONIA
ULEX EUROPAEUS
UMBILICUS RUPESTRIS
VACCINIUM MYRTILLUS
VALERIANA OFFICINALIS
VERONICA MONTANA
VERONICA OFFICINALIS
VERONICA SERPYLLIFOLIA
VICIA SATIVA
VINCA MINOR
VIOLA RIVINIANA
ASPLENIUM ADIANTUM-NIGRUM
ATHYRIUM FILIX-FEMINA
BLECHNUM SPICANT
DRYOPTERIS AFFINIS BORRERI
DRYOPTERIS DILATATA
POLYPODIUM INTERJECTUM
POLYPODIUM VULGARE
POLYSTICHUM SETIFERUM
PTERIDIUM AQUILINUM
ATRICHUM UNDULATUM
CALLIERGONELLA CUSPIDATA
CAMPYLOPUS INTROFLEXUS
DICRANELLA HETEROMALLA
DICRANUM BONJEANI
DICRANUM MAJUS
DICRANUM SCOPARIUM
EURHYNCHIUM PRAELONGUM
EURHYNCHIUM STRIATUM
HOOKERIA LUSCENS
HYLOCOMIUM SPLENDENS
HYPNUM ANDOI
HYPNUM JUTLANDICUM
ISOTHECIUM MYOSUROIDES
LEUCOBRYUM GLAUCUM S. L.
MNIUM HORNUM
PLAGIOMNIUM UNDULATUM
PLAGIOTHECIUM UNDULATUM
POLYTRICHUM FORMOSUM
POLYTRICHUM PILIFERUM
PSEUDOTAXIPHYLLUM ELEGANS
RHIZOMNIUM PUNCTATUM
RHYTIDIADELPHUS LOREUS
RHYTIDIADELPHUS TRIQUETRUS
SCLEROPODIUM PURUM
THUIDIUM TAMARISCINUM
SPHAGNUM DENTICULATUM
SPHAGNUM PALUSTRE
SPHAGNUM SUBNITENS
CALYPOGEIA ARGUTA
CONOCEPHALUM CONICUM
DIPLOPHYLLUM ALBICANS
CHILOSCYPHUS COADUNATUS
PELLIA EPIPHYLLA
ACCIPITER NISUS
ANTHUS TRIVIALIS
BUTEO BUTEO
PARUS ATER
PHYLLOSCOPUS TROCHILUS
CORVUS CORAX
La ZNIEFF de type II de la Forêt de Fréau couvre principalement la Forêt domaniale de Fréau et quelques bois privés attenants pour des raisons de continuité écologique vis-à-vis des peuplements forestiers de flore et de faune. Bien que possédant par places des habitats forestiers d'intérêt communautaire typés et quelques stations floristiques intéressantes, aucun secteur particulier ne relève d'une ZNIEFF de type I, en l'état des connaissances.