La tourbière de Pont Lédan (ou "Grande tourbière de Scaër") possède un niveau d'intérêt régional à l'inventaire des tourbières du Finistère. C'est plus particulièrement la présence d'un habitat tourbeux rare en Bretagne qui la rend originale : le groupement à sphaigne de Magellan et linaigrette engainée. Cette végétation a un caractère ombrotrophe (alimentation par les eaux de pluie) et s'est installée après la constitution d'une tourbière de fond de vallée initialement alimentée par les eaux de la nappe. Plusieurs "noyaux" importants de cet habitat sont présents sur l'espace tourbeux en rive droite du ruisseau de St Jean en Scaër, et une unité semblable existe aussi en rive gauche du ruisseau de Pont Malagas en Guiscriff. Ils sont environnés d'une lande tourbeuse à callune très typée et de groupements tourbeux plus classiques à narthécie, molinie et bruyères (Erica spp).
Une belle unité de ce dernier groupement tourbeux est présente à la hauteur de Bigodou en Guiscriff, en rive gauche d'un talweg secondaire qui rejoint perpendiculairement le ruisseau de Pont Malagas. Le restant du couloir humide est occupé par des formations prairiales oligotrophes, à molinie dominante quand elles sont à l'abandon, beaucoup plus diversifiées lorsqu'elles sont entretenues par la fauche. Ces prairies possèdent un intérêt communautaire (moliniaies, et prairies à jonc acutiflore, cypéracées et carum verticillé - avec faciès à nard raide).
Espèces remarquables : 3 plantes protégées, deux en France : Drosera intermedia et Drosera rotundifolia (rossolis intermédiaire et à feuilles rondes), une en Bretagne : Eriophorum vaginatum (la linaigrette engainée). Au moins 5 plantes menacées, inscrites sur la liste rouge armoricaine, sont présentes, ainsi que plusieurs sphaignes peu communes ou en raréfaction.
Boisements artificiels de feuillus et résineux en zone humide constituent la principale atteinte dans cette zone et leur extension n'est pas souhaitable. La multiplication des plans d'eau à vocation cynégétique sur Guiscriff (accompagnés de drainage) est localement destructrice d'espaces tourbeux. Par contre les passages gyrobroyés pour la chasse dans la tourbière de Pont Lédan favorisent la diversité floristique.
Le pâturage localisé à l'Ouest de cette tourbière reste extensif et devra le rester, son extension éventuelle au reste de la tourbière ne serait toutefois pas souhaitable.
C'est un espace naturel remarquable qui serait à préserver au plan foncier et/ou réglementaire.
Espèces déterminantes présentes sur le site (pas dans la base de données):
SCIRPUS CESPITOSUS GERMANICUS
Autres espèces présentes:
AGROSTIS CANINA
ANAGALLIS TENELLA
ANGELICA SYLVESTRIS
BETULA PUBESCENS
CALLUNA VULGARIS
CAREX DEMISSA
CAREX PANICEA
CAREX NIGRA
CAREX PANICULATA
CAREX LAEVIGATA
CARUM VERTICILLATUM
CIRSIUM PALUSTRE
DANTHONIA DECUMBENS
DESCHAMPSIA CESPITOSA
DIGITALIS PURPUREA
ELEOCHARIS MULTICAULIS
ERICA CILIARIS
ERICA TETRALIX
ERIOPHORUM ANGUSTIFOLIUM
FRANGULA ALNUS
GENISTA ANGLICA
HOLCUS LANATUS
HYPERICUM ELODES
JUNCUS ACUTIFLORUS
JUNCUS BULBOSUS
JUNCUS EFFUSUS
LYCHNIS FLOS-CUCULI
MOLINIA CAERULEA
MENTHA AQUATICA
NARDUS STRICTA
PEDICULARIS SYLVATICA
POLYGALA SERPYLLIFOLIA
POTAMOGETON POLYGONIFOLIUS
POTENTILLA ERECTA
QUERCUS ROBUR
RANUNCULUS FLAMMULA
RANUNCULUS REPENS
RUMEX ACETOSA
SALIX ATROCINEREA
STELLARIA ALSINE
SUCCISA PRATENSIS
ULEX EUROPAEUS
ULEX GALLII
ATHYRIUM FILIX-FEMINA
BLECHNUM SPICANT
DRYOPTERIS AFFINIS
DRYOPTERIS DILATATA
PTERIDIUM AQUILINUM
AULACOMNIUM PALUSTRE
BRACHYTHECIUM RUTABULUM
CALLIERGONELLA CUSPIDATA
CAMPYLOPUS INTROFLEXUS
DICRANUM BONJEANI
EURHYNCHIUM PRAELONGUM
HYPNUM JUTLANDICUM
LEUCOBRYUM GLAUCUM S.L.
PLEUROZIUM SCHREBERI
POLYTRICHUM COMMUNE
RHYTIDIADELPHUS SQUARROSUS
SCLEROPODIUM PURUM
SPHAGNUM CAPILLIFOLIUM
SPHAGNUM CUSPIDATUM
SPHAGNUM DENTICULATUM
SPHAGNUM PALUSTRE
SPHAGNUM PAPILLOSUM
SPHAGNUM RUBELLUM
SPHAGNUM SUBNITENS
SPHAGNUM TENELLUM
ODONTO SCHISMA SPHAGNI
ANGUIS FRAGILIS
VIPERA BERUS
Le périmètre de la zone comprend les espaces en tourbière et prairies humides oligotrophes en continuité naturelle, situés en bordure du ruisseau de Pont Malagas (puis ruisseau de St Jean) et dans un talweg perpendiculaire dépendant situé à l'Est de Bigodou.Les prairies humides plus banales détachées de cet ensemble ne sont pas comprises dans la zone. Par contre certains boisements artificiels trop imbriqués dans la zone humide, voire installés sur les espaces tourbeux, ont été conservés.Les espaces à forte vocation agricole ont été exclus.