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Archipel constitué de plusieurs grandes îles et nombreux îlots et récifs à très fort intérêt pour l’avifaune maritime, particulièrement nicheuse, et à intérêt botanique de niveau national par la présence de nombreuses plantes remarquables dont le Narcisse des Glénan pour lequel ce site est l’unique station au monde.
La ZNIEFF type II de l’Archipel des Glénan contient pour partie (le secteur de l’île aux Moutons faisant l’objet d’une ZNIEFF I à part, n° régional : 0000 0033, est aussi en Zone Natura 2000) :
- la Zone de Protection Spéciale (ZPS) actuelle pour les oiseaux, plus particulièrement pour le Goéland marin (l’archipel rassemblant 7% de l'effectif nicheur français, notamment les îles du Loc’h et Guéotec), l'Huîtrier pie, et le Cormoran huppé, et les potentialités de réinstallation de sternes. Mais une extension de cette zone aux principales îles de l’archipel permettrait de couvrir des effectifs nicheurs encore plus significatifs à l’échelle française pour ces espèces, et d’y reconnaître également l’importance de la reproduction au plan national du Goéland brun (l'île du Loc'h et Penfret représente la deuxième colonie française), du Goéland argenté, et enfin du Gravelot à collier interrompu (source : évaluation de la ZPS - 2006).
- la Zone Spéciale de Conservation (ZSC) relative à la Directive européenne sur les habitats, couvre en particulier pour sa partie terrestre des habitats côtiers d’intérêt communautaire : végétation des cordons de galets ; végétations des laisses de mer de hauts de plage ; dunes embryonnaires, mobiles, et fixées, végétations des côtes rocheuses atlantiques et des pelouses littorales, et lagunes saumâtres environnée d’éléments de prés-salés (île du Loc’h). La partie marine beaucoup plus vaste (97 % de la ZNIEFF environ) se distingue surtout par la présence des bancs de maërl, constitués par des concrétions d’algues rouges calcaires, et des herbiers de zostères : l’archipel fait partie des trois sites majeurs de Zostera marina pour la Bretagne, tous deux jouent un rôle essentiel en tant que site de reproduction, de
nourrissage et d’abri pour de nombreuses espèces marines (source : DOCOB T1 - 2006). La roche infralittorale en mode abrité ou exposé est en particulier par les champs d’algues à la base du réseau trophique du système côtier.
La ZNIEFF II de l’archipel contient 4 ZNIEFF terrestres de type I : l’île du Loc’h (n° 02110001), la Réserve Naturelle Saint-Nicolas des Glénan - îles de Bananec et Drenec (n° 02110002), l’île de Penfret (n° 02110003), et les îles et îlots de Guiriden, Guéotec, Vieux Glénan, Brilimec, Quignenec, Cigogne, Castel Braz, Roc’h C’hoar et le Gluet (n° 02110004). Elle contient également les ZNIEFF « Mer » : les roches comprises entre la Tourelle des Bluiniers et les îlots de Men ar C’hy (type I en raison du grand nombre d’espèces remarquables qu’on y rencontre entre - 20m et - 30 m de profondeur). Sont inscrits en ZNIEFF de type II les fonds rocheux qui bordent l’archipel au Nord, du fait de la proximité du banc de maërl et des assemblages d’espèces associées aux taillis de cystoseires. La pointe de Pen a Men, à l’extrémité Nord de l’île de Penfret, est à la fois ZNIEFF de type I et II, en raison de la biomasse végétale et animale importante, de la présence d’espèces rares, de la présence de nombreuses espèces remarquables, dont certaines présentent un intérêt halieutique, et la présence d’une mosaïque de peuplements d’autant plus remarquable que ce site est à la fois peu profond et peu étendu (source DOCOB).
L’ensemble de la ZNIEFF II de l’Archipel est en Site classé. Une Réserve de Chasse maritime couvre la ZPS.
L’association Bretagne Vivante - SEPNB a une convention de gestion avec le Conservatoire du littoral, propriétaire, pour le suivi ornithologique des colonies d’oiseaux de mer et la gestion des 3 îlots de Quignénec, Brunec, le Veau et la Tombe, ainsi qu’également des accords pour le suivi et la gestion des îlots de Guiriden, Castel Braz et Brilimec dont le Conservatoire devrait devenir affectataire (situation en 2010). Avec le Conseil Général du Finistère, propriétaire de l’île Guéotec, Bretagne Vivante - SEPNB a aussi une convention pour le suivi des oiseaux marins.
La Réserve Naturelle nationale sur l’île de Saint-Nicolas a été créée en 1974 et est principalement dédiée au Narcisse des Glénan, elle est propriété du Département du Finistère. Son périmètre de protection date de 1997 et inclut le restant des espaces naturels de Saint-Nicolas et les îlots de Brunec, le Veau et la Tombe sur lesquels cette plante est également établie (voir ZNIEFF I n° 02110002 pour plus de précisions).
11 plantes protégées sont recensées dans l’Archipel : 7 protégées au plan national dont trois sont d’intérêt communautaire et devant faire l’objet de mesures de conservation en zone Natura 2000 : le narcisse des Glénan (Narcissus triandus capax), le cynoglosse des dunes (Omphalodes littoralis), et l’oseille des rochers (Rumex rupestris) ; 4 autres plantes sont protégées au plan régional.
Un pied d’élyme des sables (Leymus arenarius) découvert en 2003 sur Penfret a disparu en 2010.
15 autres plantes inscrites sur la Liste rouge des plantes armoricaines menacées ou déterminantes pour les ZNIEFF sont également connues dans la zone. Une bryophyte réputée très rare en Bretagne est présente sur l’île de Penfret : la mousse Cheilothela chloropus.
D'après une étude réalisée par Bargain & Delliou (2004), l'ensemble de l'archipel des Glénan accueille 140 espèces d’oiseaux de façon régulière, c’est à dire que toutes ces espèces sont observées pratiquement chaque année. L’avifaune des Glénan comprend un total de 33 espèces nicheuses (dont 7 sont déterminantes pour la ZNIEFF, voir paragraphe ZPS plus haut), parmi lesquelles 32 sont également présentes en hiver ou fréquentent la zone en période de migration, tandis que 105 autres espèces sont uniquement migratrices ou hivernantes. Parmi les hivernantes sont déterminants par les effectifs atteints : les Plongeons arctique, imbrin et catmarin, le Harle huppé, le Grèbe esclavon, et quelques limicoles.
La présence du phoque gris est régulière sur plusieurs îles et îlots.
Les données naturalistes concernant les invertébrés terrestres sont acquérir ou à synthétiser. Un début d’inventaire marin sur l’espace médiolittoral de la Réserve a été initié en 2010.
Conditions actuelles de conservation : érosion des massifs dunaires (causes à rechercher), fréquentation touristique et nautique importante avec impact sur la végétation, cueillette et arrachage de plantes protégées. Les colonies de goélands contribuent à l'eutrophisation des sols et l'augmentation des plantes nitrophiles par endroits.
La colonisation récente par le ragondin au Loc’h est susceptible de déranger la nidification de certains oiseaux dont le cormoran huppé sur d’autres îlots ; l’éradication ou la limitation de cette population est à envisager. La lutte contre les rats devrait également s’organiser de manière à ce que tous les intérêts naturalistes soient correctement pris en compte.
Intérêt géomorphologique : présence de « barrages » de blocs granitiques cyclopéens sur la bordure Sud des île du Loc’h et Brilimec (Guilcher 1937) ; tombolo submersible entre Saint-Nicolas et Bananec.
Liens écologiques ou fonctionnels avec d'autres ZNIEFF : échanges avec l’île aux Moutons pour l'avifaune.
