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L'île d'Hoëdic est indissociable de l'île de Houat. Ces deux îles, par leur intérêt floristique et avifaunistique notamment, font l'objet de divers classements : Zone de Protection Spéciale et Zone Spéciale de Conservation (îles de Houat-Hoedic), site classé (site côtier de l'île d'Hoedic et DPM) et site inscrit (Deux-îles). La diversité de l'avifaune est remarquable : 150 espèces recensées dont de nombreuses espèces migratrices et des espèces occasionnelles sur le territoire français. Le statut exact de ces espèces n'a cepedant pas été renseigné au cours des diverses prospections. La diversité floristique est également exceptionnelle : 464 espèces ont été recensées dont 39 sont déterminantes. Les bryophytes et les lichens sont également bien représentés (genres Dycranum, Hypnum, Tortella, Tortula, Cladonia,...). 2 espèces déterminantes d'amphibiens sont présentes parmi les 3 espèces inventoriées : le Crapaud calamite, espèce psammophile et supportant les eaux saumâtres et le Pélodyte ponctué, espèce des milieux ouverts également capable de supporter les eaux saumâtres. Les milieux patrimoniaux présents (prés salés, côte rocheuse, dune grise...) sont le support de cette diversité et la composante essentielle du paysage insulaire.
