La majorité des étangs du site est située sur le lit d'un ruisseau. Les eaux oligotrophes permettent le développement de milieux déterminants comme les communautés pérennes septentrionales sur les berges de certains des étangs présents. On trouve notamment sur ces berges, des espèces rares comme Pilularia globulifera ou Drosea intermedia. Des landes humides et des landes sèches résiduelles sont encore présentes. Une partie des landes humides est drainée. Le sol humide mis à nu offre les conditions de développement de la Grassette du Portugal. Une partie des étangs est compris dans une végétation forestière de feuillus bien préservée mais qui reste minoritaire sur le site et dans les environs. On trouve ainsi une hêtraie atlantique acidiphile bien développée. Néanmoins, les plantations de conifères sont importantes dans les alentours et tendent à remplacer les boisements de feuillus. Le marnage des eaux permet le maintien des habitats et espèces déterminants des berges d'étangs. Les dépôts de bidons de produits toxiques (vides lors des prospections en 2010) et le développement important des plantations de conifères sont autant de facteurs de disparition des habitats déterminants.