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L'estuaire de la rivière d'Etel comprend plusieurs ZNIEFF de type I caractéristiques des milieux du secteur. Citons les vases salées de Locoal, les vases salées de Sainte-Hélène ou encore l'île de Riec'h. Le site est classé en Zone Spéciale de Conservation "ria d'Etel", deux APPB ont été approuvés pour préserver les sites de nidification de la Sterne pierregarin (Logodenn-rivière d'Etel et Iniz Er Mourn-rivière d'Etel). Les sites classés et inscrits de Saint-Cado font également partie de la zone. La diversité floristique est sous-estimée car la plupart des milieux sont difficile d'accès. 87 espèces de la flore ont été inventoriées dont 7 sont déterminantes : Zostera noltii, Triglochin bulbosum subsp. barrelieri, Luronium natans (espèce de la Directive Habitats), Limonium humile, Gentiana pneumonanthe, Carex punctata et Asphodelus arrondeaui. L'avifaune est un élément important de la richesse naturelle du site : 56 espèces sont connues (probablement beaucoup plus sont présentes) dont plusieurs espèces rares et nicheuses : Busard cendré et Echasse blanche notamment. L'ichtyofaune est également riche et patrimoniale : 7 espèces déterminantes ont été recensées (Grande Alose, Alose feinte, Anguille d'Europe, Chabot, Lamproie de Planer, Lamproie marine et Saumon). La Loutre d'Europe est présente au niveau de cet estuaire.
