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La forêt de Paimpont est un site exceptionnel pour la préservation de la faune et la flore. Le site est en partie composé d'une Zone Spéciale de Conservation pour le site Natura 2000 "Forêt de Paimpont". L'assemblage de boisements de feuillus, de résineux, de landes sèches et humides, d'étangs, mares et ruisseaux a permis de recenser 1161 espèces dont 792 pour la flore, soit près de la moitié de la flore du département. Les milieux forestiers sont évidemment les mieux représentés avec la hêtraie acidiphile atlantique à Houx et If, la hêtraie-chênaie à Houx, la hêtraie-chênaie à Jacinthe des bois, la chênaie à molinie, mais également avec des plantations de conifères. Les landes sèches et humides sont également caractéristiques du site. On y trouve les trois bruyères typiques : Erica cinerea, ciliaris et tetralix ainsi que l'hybride Erica x watsonii. Les zones tourbeuses accueillent les espèces rares et sensibles bien connues de la région dont Drosera rotundifolia et intermedia, Narthecium ossifragum, Pinguicula lusitanica, Eriophorum angustifolium et vaginatum, Rhynchospora alba, Menyanthes trifoliata. Les étangs dont la plupart sont des ZNIEFF de type 1 accueillent les espèces amphibies ologotrophiques à mésotrophiques des berges exondées : Littorella uniflora, Eleocharis ovata, Cyperus fuscus, Limosella aquatica. Le Coleanthus subtilis qui figure parmi les espèces les plus rares de la flore française et le Luronium natans (deux espèces de la Directive Habitats) ont également été recensés. Le site est de première importance pour les chiroptères. Cinq espèces déterminantes y ont été inventoriées : la Barbastelle d'Europe, le Murin de Bechstein, le Grand murin, le Petit et le Grand Rhinolophe. Treize espèces d'amphibiens sont présents dans le boisements et huit espèces de reptiles dont la rare Coronelle lisse. Les prospections de lepidoptères hétérocères et rhopalocères ont permis de recenser 85 espèces. Malgré la quantité d'espèces recensées, il est peu pertinent de donner un état de conservation général pour l'ensemble du site qui comporte des milieux très diversifiés dont les pressions anthropiques sont variables. Néanmoins l'abondance de ZNIEFF de type 1 (11 sites) permet de constater que les étangs affectés d'un marnage important accueillent une flore patrimoniale, les boisements de feuillus vieillissants sont plus propices à la constitution d'habitats patrimoniaux et à la préservation d'insectes comme le le Pique-prune ou le Grand Capricorne, les landes sèches sont mieux préservés au niveau des affleurements rocheux et des coteaux et la surface importante du site est un élément essentiel pour la biodiversité. Le site est riche en tourbière mais leur préservation n'est pas toujours garantie par une gestion à long terme. Notons que le tombeau de Merlin l'enchanteur et le palais de la fée Viviane (étang de Comper), à travers leurs histoires légendaires et plus récemment leur classement (site classé, ZNIEFF, Natura 2000) ont sans nul doute joué un rôle dans la conservation de ce site.
