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Le site est inclu dans la ZICO et la ZPS "Baie de Quiberon" et la ZSC "Massif dunaire Gâvres-Quiberon, zones humides associées". Les dunes de la baie de Plouharnel accueillent une diversité intéressante de milieux dunaires (dune grise, dune blanche, mare dunaire, bas-marais dunaire) permettant l'expression d'une diversité floristique caractéristique de ce littoral. 195 espèces de la flore ont été inventoriées dont 15 sont déterminantes. Il s'agit des espèces suivantes : Asparagus officinalis subsp. prostratus, Asterolinon linum-stellatum, Artemisia campestris, Blackstonia perfoliata, Carex liparocarpos subsp. liparocarpos, Cynoglossum officinale, Himantoglossum hircinum, Linaria arenaria, Omphalodes littoralis, Ophrys apifera, Parentucellia latifolia, Potamogeton coloratus, Salix arenaria, Schoenus nigricans et Thlaspi perfoliatum. Le site a été dégradé par la voie ferrée, l'installation de bâtiments et par le piétinement dans la partie est. Néanmoins, le site est peu attractif pour les touristes par rapport aux plages alentours et la végétation n'est menacée que par les conifères qui se développent au nord et au sud du site. Des interventions ponctuelles d'arrachage des plantules et jeunes pieds de conifères est nécessaire à terme.
