Descriptif général : bras de mer profondément encaissé dans le socle gneissique. A l'entrée de l'aber, la marée basse laisse apparaître des bancs de sables qui encombrent l'estuaire. Les prés-salés, morcelés et très étroits, se trouvent situés profondément dans la grande ria de l’aber et ses anses, ou aux débouchés des petits affluents. Les rives en pente abritent des fourrés et des bois de feuillus ou de conifères.
Milieux principaux : slikke et plusieurs habitats du schorre dont le Pré-salé à cochléaire anglaise et plantain maritime (Cochleario anglicae-Plantaginetum maritimae) association synendémique du nord Bretagne, et des fourrés denses à obione (Bostrychio-Halimionetum portulacoidis) particulièrement bien représentés très en amont de l’estuaire ; chênaies-hêtraies d’intérêt communautaire acidiclines ou neutroclines, fourrés à prunellier, ptéridaies.
Espèces remarquables :
- Flore : une algue localisée en Bretagne Fucus ceranoïdes. L'intérêt réside dans les zones de contact avec les berges, au niveau des falaises, des rochers ou des arrivées d'eau douce.
- Faune : Mammifères : présence du Campagnol amphibie (Arvicola sapidus) et de la Loutre d’Europe (Lutra lutra) dont des indices ont été relevés notamment sur la rivière le Garo en rive gauche de l’aber.
Oiseaux : le Tadorne de Belon est nicheur au niveau de l’aber Benoît (il y avait environ 60 couples en 2011 sur l’ensemble des abers et les îlots). Importance des surfaces de vasières découvertes à marée basse qui fait de l'aber Benoît un lieu de séjour intéressant pour les limicoles.
Poissons : présence de l’Anguille.
Protections - Conditions actuelles de conservation : les perturbations des milieux aquatiques observées au Nord Ouest du Finistère sont liées à une forte exploitation du sol pour l’agriculture. Les productions légumières très présentes dans le Léon font en effet l’objet de nombreux traitements chimiques et d’apports en nutriments, la qualité de l’eau y est donc dégradée (Observatoire des Bassins Versants de Bretagne 2012).
Liens écologiques ou fonctionnels avec d'autres ZNIEFF : relations avec les îles des abers et l'Aber Wrac'h pour l'avifaune.
Une grande ZNIEFF type II serait à terme à créer englobant l’ensemble de la zone Natura 2000 et son extension en mer, et cela pourrait être l’occasion de réexaminer le statut (type I ou II) de cet aber.