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Descriptif synthétique : l'île de Sein est une île très basse représentant la partie émergée d'une plate-forme d'abrasion marine constituée de leucogranite à deux micas. Des plages anciennes constituées essentiellement d'amas de galets datant du quaternaire reposent sur le socle granitique. Un village typique, pressé autour du port de pêche imprime un caractère paysager très fort.
Milieux principaux : estran rocheux et champs d'algues, végétations des laisses de mer et de cordons de galets, groupements litho-halophiles des rochers, pelouses aérohalines, dune mobile embryonnaire (localisée), éléments de dunes fixées rases à herbeuses ou porteurs de ptéridaies ou fourrés bas. Un espace halophile à salicorne en position interne dans l’île, en lien avec le fonctionnement du dessalinisateur.
Espèces remarquables : - Flore : présence de 3 plantes protégées, deux au plan national : la patience des rochers (Rumex rupestris) également d’intérêt communautaire, sur la presqu’île à marées basses de Kelaourou (45 pieds comptés en 2010), et un pied (respecté) de chou marin (Crambe maritima) ; et une plante protégée régionalement : la linaire des sables (Linaria arenaria). Trois autres plantes déterminantes et inscrites sur la Liste rouge armoricaine sont également présentes : la scille printanière, la morelle douce-amère maritime (assez fréquente), et la discrète ptéridophyte ophioglosse du Portugal visible qu’au début du printemps. A signaler aussi une autre plante du littoral assez peu commune : l’érodium maritime, qui est particulièrement bien représentée sur cette île.
Faune - Oiseaux : l'île de Sein abrite une part importante de la population reproductrice bretonne du Grand gravelot - Charadrius hiaticula (une vingtaine de nids en 2012). Quelques couples de Sterne naine (Sterna albifrons) y nichent régulièrement depuis 1992. L’île est une zone très importante pour l'hivernage du Bécasseau violet (Calidris maritima) et accueille 10 % de la population hivernante française (2012), le Tournepierre (Arenaria interpres) atteint aussi des effectifs hivernants déterminants.
- Mammifères : une forme particulière de la musaraigne des jardins vivant sur l’île est considérée comme endémique de l’île de Sein : Crocidura suaveolens enez-sizunensis. Un groupe de Grand Dauphin (Tursiops truncatus) vit toute l'année et se reproduit aux alentours immédiats de l'île et la chaussée de Sein reçoit régulièrement la visite de phoques gris (Halichoerus grypus).
Conditions actuelles de conservation : globalement, le site jouit de son isolement et l’état naturel de l’île est bon. La fréquentation est aujourd’hui importante par rapport à la superficie de l’île mais reste inférieure aux sites littoraux du continent. Cependant, il faut être attentif au développement de certaines activités et à l’évolution des fréquentations sous l’effet d’une pression touristique croissante (notamment l’excès du piétinement et l’élargissement des chemins, et les risques accrus de dérangement de l’avifaune nicheuse). De plus, l’enfrichement de l’île est réel et conduit à une disparition progressive d’habitats d’intérêt communautaire par un manque d’entretien de l’espace (partiellement contrebalancé par l’abroutissement créé par les nombreux lapins de l’île en quelques endroits, mais pouvant être aussi cause d’érosion) (source n° 57 - 2010). En plusieurs points de la côte naturelle de l’île une plante invasive avérée s’est implantée: les griffes de sorcière (Carpobrotus spp), elle devrait être arrachée avant de dénaturer des habitats littoraux remarquables.
Autres intérêts : archéologique et historique (stèle néolithique, four à goémon, monument commémoratif du 18 juin 1940)
