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Situé le long de la vallée du Clain, le site abrite une mosaïque de milieux diversifiés qui lui confère un intérêt faunistique et floristique remarquable à l’échelle de département.
Les zones humides de la réserve ornithologique et le vaste plan d’eau qui la jouxte accueillent de nombreuses espèces d’oiseaux, notamment en migration et en hivernage (canards, laridés, balbuzard pêcheur…). La réserve joue notamment un rôle de zone refuge pour les anatidés.
Les mégaphorbiaies, bancs de graviers végétalisés et autres phragmitaies abritent de nombreuses espèces patrimoniales telles que le Petit gravelot, le Vanneau huppé et la Sterne pierregarin en période de nidification. Les roselières situées sur la réserve et en bordure du lac représentent un des rares sites de reproduction connus pour le Blongios nain en Poitou-Charentes.
Le site se caractérise également par la présence de prairies humides (Laîche à épis distants - Carex distans) et de forêts alluviales d’ormes et de frênes. Certaines berges encore préservées abritent l'Utriculaire citrine (Utricularia australis) et la Grande Naïade (Najas marina).
La zone englobe la réserve ornithologique et l'ensemble du plan d'eau de Saint-Cyr. Ce dernier représente une zone de halte et/ou d'alimentation essentielle pour de nombreux oiseaux d'eau (anatidés, sternes, etc.) et la végétation (saulaies, roselières) qui le borde est notamment intéressante pour les fauvettes paludicoles ou encore le Blongios nain.
L'extension du périmètre de la ZNIEFF en 2016 permet d'intégrer l'ensemble de la réserve ornithologique de Saint-Cyr suite aux travaux d'aménagement du site en 2007, notamment les prairies humides et les forêts alluviales de frênes et d'aulnes situées entre la rivière du Clain et le plan d'eau. La réserve constitue un site de reproduction pour de nombreuses espèces patrimoniales et représente également une zone refuge en cas d'activités sur le plan d'eau.
