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Vaste complexe estuarien associant 2 compartiments complémentaires et fonctionnellement liés :
Une partie terrestre :
L'essentiel en est constitué par les prairies naturelles humides bordant la rive droite de la Gironde entrecoupées par un réseau de fossés à dense végétation aquatique et, en avant des digues, par des prés salés développés sur la zone tidale.
Une ligne de falaises mortes ou vives de calcaire crayeux s'étendant de Mortagne à Talmont et, au nord de Meschers, une forêt littorale sur sables ou pointes rocheuses constituent les autres éléments majeurs de diversité du site.
Secteur d'une grande importance régionale sur le plan géomorphologique et écosystémique : passage progressif de biocénoses halophiles au nord de Meschers à des systèmes progressivement plus dulcicoles vers l'amont de l'estuaire.
Richesse floristique et phytocénotique exceptionnelle des falaises boisées situées au nord de Meschers (reliques des anciennes "conches" en grande partie détruites par l'urbanisation) avec des pelouses xéro-thermophiles enclavées d'une très grande valeur, et de celles situées aux environs de Mortagne (plusieurs associations végétales endémiques du site, présence du Chou sauvage, etc).
Sur le plan faunistique, très grand intérêt mammalogique avec la présence simultanée de la Loutre et du Vison, nombreux sites de ponte pour les amphibiens, etc. Zone humide très utilisée également par de nombreux oiseaux d'eau en halte migratoire ou en hivernage.
Comme c'est le cas pour tous les marais littoraux centre-atlantiques, le facteur majeur de perte et d'altération des habitats est dû aux mutations agricoles récentes se traduisant par le drainage et la mise en culture (céréaliculture intensive) d'importantes surfaces de prairies naturelles autrefois consacrées au pâturage extensif.
Outre la perte d'importantes surfaces d'habitats semi-naturels au rôle fonctionnel important, cette intensification entraine également une nette dégradation de la qualité de l'eau qui circule dans les fossés inter-parcellaires (eutrophisation, pullulation de pestes végétales - ici surtout Ludwigia sp.pl. - et animales - ragondin, Ecrevisse américaine Crabe chinois Eriocheir sinensis etc-) qui se traduit par un appauvrissement des biocénoses aquatiques.
L'urbanisation, primaire ou générée par le tourisme balnéaire, constitue aussi un facteur fort de dégradation des milieux naturels, surtout au nord de Meschers : nombreux campings, villas privées et résidences de vacances en liaison avec la présence des dernières plages avant les vasières de l'estuaire.
Les pelouses calcicoles - d'une grande importance biogéographique avec de nombreux taxons en limite d'aire ou aire disjointe - subissent un important processus de densification (remplacement des pelouses par des ourlets en nappe où domine Dorycnium pentaphyllum, voire par des fourrés des Prunetalia d'un intérêt bien moindre) en l'absence de toute gestion exportatrice.
Le remplacement des bois hygrophiles (frênaie alluviale) par des cultures de peupliers représente enfin une menace importante pour ce type d'habitat à surface réduite sur le site mais d'une grande signification biologique comme zone refuge pour des espèces menacées telles que la Loutre ou le Vison.
Une partie aquatique :
Elle constitue la partie poitou-charentaise de l'Estuaire de la Gironde, vaste écosystème estuarien résultant de la rencontre et du mélange des eaux douces issues des 71000km2 des bassins versants de la Garonne et de la Dordogne et des eaux salées poussées par les marées de l'océan atlantique dont l'influence se fait sentir jusqu'à 75km de l'embouchure.
Remarquable complexe d'habitats typiques des grands estuaires atlantiques : plan d'eau atteignant 625 km2 et débit dépassant 100000m3/s à l'embouchure à marée haute, îles alluviales, barres et hauts-fonds sableux, slikkes et schorres vaseux encadrés par des falaises crétacées et des marais (rive nord) et des terrasses graveleuses (rive sud).
Site remarquable par ses populations de poissons migrateurs - Esturgeon, Saumon, aloses, lamproies - qui utilisent l'estuaire à la fois comme zone de transit et comme zone de reproduction.
Les menaces pesant sur ce secteur son nombreuses en raison de la fragilité intrinsèque des milieux estuariens (beaucoup des espèces
Fortes modifications de contours : côté terrestre, la ZNIEFF s'aligne sur le périmètre du SIC FR5400438 COTEAUX DE GIRONDE auquel on a rajouté quelques secteurs issus de la réactualisation de ZNIEFF I postérieure à la définiton du SIC (ZNIEFF 396, 99 et 130). Côté estuaire, la ZNIEFF intègre tous les secteurs du SIC FR7200677 ESTUAIRE DE LA GIRONDE situés rive droite du fleuve (côté région POITOU-CHARENTES).
