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Vaste ensemble littoral associant deux compartiments écologiques complémentaires sur le plan fonctionnel ; d'une part les grandes vasières et bancs de sable découverts à marée basse du Fier d'Ars proprement dit et de la Fosse de Loix, milieux à forte productivité primaire et point de départ de nombreuses chaînes alimentaires; d'autre part, la ceinture de marais saumâtres isolés des précédentes et de la mer par des digues et qui forment une mosaïque très diversifiée de milieux - marais salants encore en activité ou abandonnés, bassins exploités pour l'aquaculture, "bosses" pâturées extensivement - support de communautés végétales et animales originales.
Intérêt écosystémique :
Un des grands sites régionaux pour les prés salés (110 ha en tout dont un bloc homogène de plus de 60ha au droit de la Réserve Naturelle de Lilleau des Niges) avec un riche cortège des phytocénoses caractéristiques des prés salés centre-atlantiques.
Intérêt ornithologique : exceptionnel
Site décrit comme Zone d'Intérêt Communautaire pour les Oiseaux (ZICO), d'importance internationale pour la migration et l'hivernage de nombreux oiseaux d'eau.
Intérêt batrachologique :
Présence d'une colonie de Pélobate à couteaux, amphibien très localisé sur le littoral atlantique.
Les menaces varient selon les compartiments écologiques :
Les milieux tidaux sont soumis à diverses activités humaines généralement compatibles lorsqu'elles se pratiquent de façon extensive : présence de concessions conchylicoles, ramassage des crustacés à marée basse, pêche et navigation de plaisance à marée haute.
A l'intérieur des digues, les bassins des anciens marais salants perdent de leur qualité biologique par un double processus, selon les secteurs, soit de déprise et de dégradation du système hydraulique (entrées d'eau marine de plus en plus aléatoire), soit d'intensification par le biais des activités aquacoles .
Le périmètre de la ZNIEFF se cale sur les contours du SIC FR5400424 FIER D'ARS. Il intègre l'ensemble des milieux tidaux de la baie du Fier d'Ars et de la Fosse de Loix ainsi que les marais salés et saumâtres endigués situés en périphérie.
