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Un des grands marais arrière-littoraux centre-atlantiques : vasières tidales et prairies hygrophiles plus ou moins saumâtres séparées par un important réseau de fossés à eau douce sont les caractéristiques majeures.
Des éléments plus localisés mais d'une grande signification biologique ajoutent à l'intérêt de l'ensemble : dunes et dépressions arrière-dunaires, bois marécageux, roselières, pelouses calcicoles xérophiles au flanc de certaines "îles" de calcaires jurassiques qui ponctuent le marais.
Certains secteurs, autrefois utilisés par l'homme pour les besoins de la saliculture, présentent aujourd'hui un relief caractéristique fait d'une alternance de bosses mésophiles (connues sous le nom vernaculaire de "bossis") et de dépressions hygrophiles (les "jas") qui contribuent à la diversité globale du site.
Intérêt écosystémique : un des exemples les plus représentatifs des grand marais arrière-littoraux centre-atlantiques offrant sur des surfaces étendues des habitats - notamment prairiaux - remarquables par leur originalité (présence de sel en quantités variables) et leur diversité (nombreux faciès liés à l'hydromorphie).
Intérêt phytocénotique et floristique avec la présence de nombreuses associations végétales caractéristiques (synendémiques) des marais halophiles atlantiques et d'espèces - souvent d'origine méditerranéenne, en aire plus ou moins disjointe - avec des populations importantes (Centaurium spicatum, Lythrum tribracteatum, Crypsis aculeata, Juncus striatus). Présence de la dernière station régionale non insulaire d'Omphalodes littoralis (espèce endémique, prioritaire au niveau européen).
Zone très riche sur le plan ornithologique : plus de 20000 oiseaux d'eau dénombrés chaque année en migration ou hivernage, nidification de 38 espèces considérées comme menacées à l'échelle régionale
Zone de résidence permanente et de reproduction pour la Loutre d'Europe.
Importante zone de reproduction pour le Pélobate cultripède, amphibien très localisé sur les côtes atlantiques.
Comme tous les marais littoraux charentais, le site est soumis à de très fortes pressions : disparition des prairies naturelles humides exploitées autrefois en pâturage extensif au profit de cultures céréalières réalisées après drainage et, éventuellement, remodelage du relief parcellaire, dégradation simultanée de la qualité de l'eau des fossés et artificialisation du régime hydraulique (bas niveaux en hiver-printemps et hauts niveaux en été), réalisation d'infrastructures linéaires (voies routières à grande vitesse, projet d'autoroute, lignes électriques à haute tension), creusement de retenues d'eau (bassins de chasse, irrigation, tourisme etc).
Fortes modifications du périmètre initial . Les contours de la ZNIEFF se calent sur ceux du SIC FR5400429 MARAIS DE ROCHEFORT et ceux de la ZPS FR540013 ANSE DE FOURAS, BAIE D'YVES ET MARAIS DE ROCHEFORT (une seule exception : en Baie d'Yves, la ZNIEFF s'arrête au 0m NGF alors que la ZPS se prolonge en mer jusqu'à la Pointe de Coudepont sur l'île d'Aix).
L'entité ainsi définie forme un ensemble naturel de prairies arrière-littorales saumâtres, bordées sur leur façade maritime par les vasières tidales de la baie d'Yves et qui présente, entre ses différents compartiments, des liaisons fonctionnelles fortes (échanges faunistiques entre l'estran et les prairies humides internes) et des enjeux biologiques identiques.
