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Marais alcalin structuré le long d'un des rares cours d'eau du pays de Royan, le Marais de Pontaillac est constitué d'une remarquable diversité d'habitats humides, où se développent plusieurs espèces remarquables de faune et de flore.
INTERETS FLORISTIQUE ET PHYTOCENOTIQUE : roselières, prairies humides, mégaphorbiaies et fossés encore localement riches en végétation aquatique ou amphibie abritent l'Orchis des marais (Anacamptis palustris) qui présente ici l'une de ses dernières populations importantes du Poitou-Charentes, l'Orchis incarnat (Dactylorhiza incarnata), l'Hottonie (Hottonia palustris), le Cératophylle inerme (Ceratophyllum submersum), le Potamot coloré (Potamogeton coloratus), la Renoncule à feuilles d'ophioglosse (Ranunculus ophioglossifolius), la Fougère des marais (Thelypteris palustris) et la Laîche distique (Carex disticha).
Plusieurs milieux remarquables en forte régression sont encore présents sur le site tels les groupements aquatiques dominés soit par l'Hottonie des marais, le Cératophylle inerme ou le Potamot coloré, ainsi que les prairies hygrophiles alcalines ou les roselières inondées.
INTERET FAUNISTIQUE : La variété d'habitats humides et aquatiques permet le maintien d'une faune variée, aux portes de Royan, avec plusieurs invertébrés remarquables (Odonates : Coenagrion mercuriale, Coenagrion pulchellum ; Orthoptères : Paracinema tricolor bisignata, Stethophyma grossum, Gryllotalpa gryllotalpa), la présence de la Cistude d'Europe (une population installée sur la plan d'eau de la Métairie malgré la fréquentation), du Vertigo de des Moulins (Vertigo moulinsiana), de l'Anguille, du Brochet d'Aquitaine (bien que cette espèce, récemment séparée du Brochet commun ne soit pas déterminante), des oiseaux tels que le Busard des roseaux et la Rousserolle effarvatte ou du Campagnol amphibie. La Loutre dont la présence a été révélée en début 2018 fréquente également les milieux aquatiques du site.
Ce site périurbain est actuellement totalement enclavé au sein de zones urbanisées de l'agglomération royannaise et fait l'objet depuis quelques années d'un programme visant la préservation de ses richesses par la commune de Royan et le Département de Charente-Maritime (acquisition foncière dans le cadre de sa politique ENS).
Le contour intègre l'ensemble du marais et des zones inondables, y compris les parcelles de maraîchage, qui sont intimement intriquées au sein d'un réseau de fossés et canaux et dont l'exploitation est majoritairement assez extensive. Un secteur relictuel de pelouses marnicoles situées au niveau du lieudit "La Glacière" a été également intégré du fait de la persistance d'habitats déterminants (fortement menacés par l'urbanisation et l'absence d'entretien) et de l'Astragale de Montpellier (Astragalus monspessulanus). Le diverticule situé à l'extrême nord-ouest, en amont du lieudit "La Source", relié au reste du site par le ruisseau du Verdot a été intégré du fait de la présence de l'agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale). L'étang de la Métairie, bien que très anthropisé, a été intégré dans le contour du fait de la présence de la Cistude d'Europe et de l'Anguille. Le chenal de dérivation de l'étang (qui constitue un corridor écologique entre l'étang de la Métairie et le marais) abrite également une importante population d'Hottonie (Hottonia palustris) couvrant près de 1000 m², ainsi qu'un peuplement de Brochet aquitain (Esox aquitanicus) dont l'identité a été confirmée par le MNHN de Paris en 2018. L'étang constitue également un site de chasse du Murin de Daubenton, même si les terrains de chasse de cette espèce ne peuvent être considérés comme déterminants pour les ZNIEFF de type I. Quelques parcelles de terrain de jeux (tennis du village vacances) ou de propriétés privées ont été volontairement exclues du contour du site.
