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En raison de sa position, l'île aux Oiseaux ne fait pas l'objet d'un suivi régulier. Toutefois, même en l'absence d'inventaires floristiques et faunistiques récents, on peut affirmer que cette île constitue toujours une zone d'intérêt écologique.
Les différents habitats qui font sa richesse et sa diversité sont toujours bien présents et globalement peu dégradés : herbiers marins à zostères, vasières, prés salés, chenaux.
Située au coeur du bassin d'Arcachon, l'île fournit toujours les milieux favorables à de nombreuses espèces aquatiques (invertébrés, poissons, oiseaux).
Les menaces sur l'île proviennent en partie du développement des parcs à huîtres sur les vasières du pourtour de l'île et du développement de certaines pratiques touristiques (bateaux et surtout jetskis). La pression de l'activité cynégétique n'est pas quantifiée mais peut constituer une limite aux effectifs d'hivernants fréquentant la ZNIEFF.
L'île en elle-même, ainsi que les vasières et le schorre qui la jouxtent. L'ensemble est clairement délimité par les chenaux qui bordent cet écocomplexe.
Les parcs à huîtres installés sur certaines vasières bordant ce complexe sont pris en compte, malgré la perturbation induite sur le milieu.
