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Le domaine de Certes est l'un des sites majeurs pour l'accueil de l'avifaune sur le Bassin d'Arcachon, du fait de ses caractéristiques et de sa relative tranquillité. Parmi son intérêt on peut noter son rôle comme site d'hivernage de la grande aigrette et de la spatule blanche, comme site de reproduction d'une importante population de gorgebleues et comme site de halte migratoire et d'hivernage d'une grande diversité d'oiseaux d'eau.
Les autres domaines sont moins bien connus et gérés différemment. Toutefois, la variété des milieux présents sur les trois domaines, des milieux aquatiques, doux ou saumâtres, aux milieux boisés, favorise la présence d'un peuplement d'invertébrés diversifiés. De plus, la proximité des domaines et la présence systématique de bassins en eau permet des échanges fréquents au niveau de l'avifaune.
Les connexions avec des petits ruisseaux permet aussi la présence régulière de la loutre et surtout du vison d'europe.
Le domaine de l'Escalopier est privé. Sa gestion et son devenir sont incertains. Les deux autres domaines appartiennent au Conservatoire de l'Espace Littoral et des Rivages Lacustres et sont gérés par le conseil général de la Gironde. Cette situation est ancienne sur le domaine de Certes et a permis de favoriser le développement et l'enrichissement du peuplement d'oiseaux. La gestion conservatoire est a peine entamée sur le domaine de Graveyron mais il est certain qu'un secteur va permettre de restaurer la flore des prés salés, une brèche étant apparue dans la digue.
L'avifaune de cette ZNIEFF effectue de nombreux échanges avec les nombreux milieux disponibles sur le bassin d'Arcachon. Toutefois, cette ZNIEFF étant comprise dans la vaste ZNIEFF du bassin d'Arcachon, les limites retenues correspondent à 3 domaines endigués qui ne font pas partie du delta de la Leyre mais sont alimentés en eau douce par de petits affluents du bassin (ruisseaux d'Aiguemorte, de Ponteils, de Passaduy, de Lanton, etc.). Les liens écologiques sont de plus très forts car pour la faune, cet ensemble de bassins correspond à une ressource unique (espace, alimentation).
Les prés salés (schorre) qui se sont développés directement en contact avec les digues externes des domaines sont également inclus dans la ZNIEFF.
