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Cette langue de terre, coincée entre la Garonne et la Dordogne, est constituée de dépôts alluvionnaires modernes, régulièrement inondés avant l'aménagement des digues.
Les terrains sont donc, à l'origine, essentiellement constitués de zones humides, le degré d'humidité pouvant varier selon topographie. Ces différents milieux humides abritent une flore et une faune relativement riches, comprenant des espèces rares et/ou protégées telles que la nivéole d'été ou la renoncule langue par exemple.
Situés sur un axe migrateur majeur, ces terrains peuvent également constituer une importante zone d'accueil pour l'avifaune.
L'estey du Gua a constitué l'une des rares cours d'eau fréquenté par le vison d'Europe des dernières années.
De nombreuses activités humaines ont provoqué la réduction et le morcellement de ces zones humides, diminuant progressivement leur valeur patrimoniale. Les aménagements industriels (particulièrement sur Ambès), les extractions de grave (notamment sur Ambarès-la-Grave) et la progression généralisée de l'urbanisation, sans respect des zones humides, sont les principales causes de la perte de biodiversité de la ZNIEFF. Toutefois, l'intérêt patrimonial demeure et l'intérêt écologique, notamment dans la préservation de la ressource en eau, ne devient que plus important.
La délimitation de la ZNIEFF a été faite en priorité en fonction de la répartition des habitats humides et des espèces déterminantes, ce qui exclut les terrains urbanisés ou les plus dégradés, ainsi que les grandes cultures.
Bien que très artificialisé et très perturbé, le grand plan d'eau d'Ambarès-la-Grave a été conservé dans les limites de la ZNIEFF en raison du rôle écologique que peut jouer ce plan d'eau au cœur de la ZNIEFF et de zones très urbanisées (refuge pour les oiseaux d'eau notamment).
