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Le Ciron et ses affluents constituent un réseau hydrographique très diversifié, allant de ruisseaux sur substrat sableux à une vallée large vers les terrasses alluviales de la Garonne, en passant par un secteur encaissé sur affleurements calcaires.
Cette variété de faciès favorise le développement et le maintien d'une grande diversité d'habitats et d'espèces, végétales et animales.
Les activités humaines sont également nombreuses et variées sur le bassin versant du Ciron et peuvent perturber plus ou moins fortement le fonctionnement de l'hydrosystème et des écosystèmes associés.
On notera particulièrement l'importance de la préservation quantitative et qualitative de la ressource en eau à l'amont du réseau, exposé au développement de l'agriculture intensive à ses conséquences (intrants, irrigation, drainage). L'activité de canoé-kayak nécessite également une surveillance afin d'éviter les risques d'érosion des berges.
Enfin, les peuplements résiduels à hêtre nécessite une gestion conservatoire afin de préserver la ressource génétique qu'ils représentent.
La délimitation de la ZNIEFF de type II correspond à la jonction des différentes ZNIEFF de type I identifiées sur ce réseau hydrographique, en suivant le lit mineur, les zones inondables et les annexes hydrauliques. La délimitation inclut le lit majeur sur le tronçon aval, plus large et moins forestier, ainsi que les terrains proches du site à chiroptères du château de Villandraut, en tant que zones potentielles de chasse.
