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L'intérêt de cette ZNIEFF provient de sa configuration : rive de l'estuaire protégée par une pointe, ce qui favorise la formation d'une vaste vasière puis de prés-salés.
Cette vasière, protégée des vents dominants et présentant une faible pente, est située sur une axe majeur de migration de l'avifaune.
Cetter situation fait de ce secteur de l'estuaire l'un des sites majeurs d'hivernage et de haltes migratoires d'Aquitaine, pour les oiseaux d'eau et les limicoles (l'un des plus importants avec le bassin d'Arcachon et le marais d'Orx).
En dehors d'éventuelles menaces résultant de projets d'aménagements des rives de l'estuaire, le principal risque pour cette zone est l'évolution naturelle des vasières. En effet, la poursuite de la sédimentation aboutit à un exhaussement régulier des vasières et à leur transformation en prés-salés puis en fourrés. Le site perdrait alors tout son potentiel d'accueil pour les oiseaux d'eau et les limicoles. Cette situation n'est toutefois qu'une projection à moyen terme, qui évoluer en fonction des variations futures du niveau de la mer et des courants.
La ZNIEFF est définie en priorité en tant que zone particulière d'hivernage et de halte migratoire de l'avifaune (essentiellement des oiseaux d'eau et des limicoles).
La limite côté terre intègre toute les vasières et le schorre, en excluant les secteurs dégradés (limite de zone portuaire et de digue). Côté estuaire, la limite est arbitraire mais intègre globalement tout le secteur envasé et protégé par la pointe de la Chambrette, ainsi que le chenal d'écoulement du canal de Neyran.
