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Le marais d'Arcins fait partie du chapelet de marais de la rive gauche de l'estuaire de la Gironde (haut médoc), caractérisés par un marais mouillé (dépression tourbeuse pré-flandrienne, généralement inondé l'hiver) fermé du côté de l'estuaire par un marais asséché (dépôts argileux flandriens appelés "palu", généralement cultivés ou urbanisés).
La délimitation englobe les terrains humides à marécageux de la vallée et des talwegs. Elle intègre les données connues de présence d'espèces d'intérêt patrimonial. Les terrains viticoles sont systématiquement exclus, ainsi que les cultures céréalières. Les peupleraies, sont conservés quand elles sont intégrées à la zone marécageuse ou au réseau hydraulique primaire.
A l'aval, la ZNIEFF s'arrête à la limite d'influence des marées (digue, ou ouvrage hydraulique) et à l'amont elle s'arrête à la déviation du bourg de Castelnau-Médoc qui constitue une limite physique nette.
