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Le banc d'Arguin demeure un site majeur pour l'accueil des oiseaux d'eau en général et la reproduction des oiseaux de mer en particulier. Il constitue entre autres un site d'importance internationale pour la reproduction de la Sterne Caugek, du Gravelot à collier interrompu et de l'Huîtrier pie.
Cette zone est cependant soumise à différents risques majeurs :
- l'installation de parcs à huitres qui modifient profondément les caractéristiques environnementales (sédimentation, composition chimique de l'eau, turbidité, etc) favorables aux espèces classiquement présentes sur le banc d'Arguin.
- la pêche illégale de mollusques, ce qui perturbent les nicheurs et supprime une ressource alimentaire importante en période de reproduction
- la surfréquentation du site l'été par les plaisanciers qui diminuent les espaces potentiels pour l'avifaune et qui perturbent les nicheurs.
- les nombreux aménagements littoraux (dont ceux du Cap Ferret) qui pertubent la dynamique sédimentaire et peuvent, à terme, empêcher la régénération naturelle du banc.
L'évolution et les déplacements des bancs de sables étant permanents et parfois rapides, les limites sont établies sur la zone intertidale des bancs actuels compris entre la passe nord et la passe sud. Sont inclus dans la ZNIEFF les masses d'eau et les passes intérieures au banc d'Arguin. Sont exclues les zones ostréicoles.
