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La ZNIEFF de la Butte calcaire de la Roque de Thau fait partie intégrante du réseau de coteaux et falaises calcaires thermophiles orientés ouest et sud-ouest, surplombant la Gironde de Tauriac jusqu’aux environs de Blaye. Le site présente un intérêt paysager majeur, du fait de sa localisation sur la corniche pittoresque bordant l'estuaire de la Gironde et ses îles. Il présente aussi un grand intérêt géologique (calcaires lacustres visibles) et archéologique (vestiges du Néolithique).
La Znieff est constituée d'une butte et un plateau argilo-calcaire où se trouvent d'anciennes carrières de calcaire. On y observe des calcaires lacustres et des marnes déposés sous le calcaire à astéries présent plus en hauteur sur le plateau du Mugron. La position en bordure d'estuaire et la singularité géologique de ce site ont permis le développement d'une flore calcicole et thermophile concentrant un grand nombre d'espèces végétales remarquables. Plusieurs sont relativement rares en Gironde et présentent une affinité méridionale voire méditerranéenne : Coronille scorpion (Coronilla scorpioides), Filaire intermédiaire (Phillyrea media), Nerprun alaterne (Rhamnus alaternus), Rouvet blanc (Osyris alba), etc. A noter également la présence de plusieurs micro-populations d'Odontite de Jaubert (Odontites jaubertianus), espèce endémique française, protégée au niveau national et en limite d'aire de répartition.
La végétation de la Roque de Thau est dominée par les fourrés thermophiles et les boisements calcicoles à Chêne pubescent (Quercus pubescens) et Chêne vert (Quercus ilex). Ces formations arbustives et arborées forment une mosaïque avec les habitats plus ouverts, dont de rares pelouses sèches calcicoles, qui accueillent des espèces xérophiles, pour la plupart assez rares en Gironde : Hélianthème des Apennins (Helianthemum apenninum), Fétuque de Timbal-Lagrave (Festuca marginata), Ail à tête ronde (Allium sphaerocephalon), etc.
Ces pelouses sont aujourd'hui très réduites à cause notamment de la fermeture des milieux ; elles sont également dégradées par les pratiques de sports de nature non régulées actuellement (VTT) et le passage d'engins motorisés. Les habitats ouverts sont nettement en voie de régression, ce qui altère la richesse biologique et patrimoniale du site. Une gestion conservatoire du site avec une ouverture maîtrisée de la fréquentation et des activités de loisirs doit être mise en œuvre pour conserver les intérêts biologique, écologique et patrimonial de ce site.
L'enjeu pour les chiroptères peut être qualifié de local a minima (sources GCA). 11 espèces sont connues à ce jour, dont 9 fréquentent la carrière souterraine toute ou partie de l'année (très bonne diversité) et 5 sont en annexe II de la DH (Grand rhinolophe, Petit rhinolophe, Murin à oreilles échancrées, Murin de Bechstein, Barbastelle) . C'est l'une des rares cavités où sont présentes la Pipistrelle commune (connue en hiver) et de la Sérotine commune. Un peu de swarming (période d'accouplement à l'automne) a été observé au droit des entrées de carrières. Il n'y a pas de colonie de mise-bas dans la carrière. En revanche, certains arbres peuvent constituer des gîtes pour certaines espèces toute ou partie de l'année. A noter que ce site est en lien avec le château juste au-dessus où une probable colonie de Grand Rhinolophe est présente et les individus viennent sur le site pour chasser.
Notons en particulier la présence du Murin de Bechstein (Myotis bechsteinii) sur le site depuis 2004.
La délimitation s'appuie sur les routes départementales D669 et D669E1 entourant le site du Mugron. Elle exclut les jardins et les propriétés situées en pieds de falaises, mais aussi les vignes et les parcs des châteaux attenants. Délimitation à partir de la BDortho 2004 selon la répartition des formations végétales et des espèces déterminantes présentes.
