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Si le massif des Pyrénées est pratiquement en totalité concerné par des znieff de type 2, le massif karstique du pic d'Anie constitue l'une des deux seules znieff de type I qui ne soit pas incluse dans une znieff de type 2, en raison de ses nombreuses particularités, géologiques et faunistiques (l'autre znieff étant le bassin versant d'Iraty, également très particulier puisque coulant vers l'Espagne et la Méditerranée).
Le pic d'Anie atteint l'étage alpin, constitué de roches et d'éboulis calcaires et l'étage subalpin, constitué de landes de pelouses sur calcaires et de quelques pins à crochets dispersés. La znieff constitue la limite occidentale de répartition du pin à crochets en France.
La bordure occidentale de la znieff descend jusqu'à l'étage montagnard, constitué de landes, de pelouses et de boisements de la série du hêtre, en mosaïque avec des landes et des boisements de la série du sapin.
Cette ZNIEFF est caractérisée par un peuplement d'oiseaux rupestres très diversifié et par une flore riche, notamment en espèces endémiques.
Les nombreuses grottes présentent sur la zone accueillent une faune cavernicole originale, notamment la salle de la Verna qui comprend au moins 8 espèces endémiques d'invertébrés (arachnides, myriapodes, collemboles, coléoptères, crustacés).
D'un point de vue géologique, ce massif karstiques présente de nombreuses formations caractéristiques (lapiaz, dolines, poljes, aven gouffres, etc.) dont le gouffre de la Pierre Saint-Martin constitue un élément majeur au niveau mondial, par ses dimensions exceptionnelles et par sa faune troglobie particulièrement diversifiée.
Les risques pour cette ZNIEFF peuvent provenir de mauvaises pratiques spéléologiques, de pillages des espèces troglobies ou de l'évolution non maîtrisée des aménagements liés à la pratique du ski.
En dehors de la répartition des habitats et des espèces, les limites de la ZNIEFF tiennent compte du type de roche-mère. La ZNIEFF se limite systématiquement aux formations calcaires. La frontière avec l'Espagne constitue également une des limites obligatoires.
