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Le lit mineur de l'Isle est profondément perturbé par la multiplication des ouvrages hydrauliques qui y sont installés, la majorité étant infranchissable par les poissons migrateurs.
En revanche, le lit majeur de l'Isle, bien que fortement modifié par les activités humaines, conserve encore des secteurs peu dégradés, notamment lorsque les terrains sont encore soumis à des inondations régulières, parfois annuelles.
Cela limite notamment le développement des zones urbaines et les mises en cultures intensives. Des secteurs prairiaux, parfois bocagers, de grande superficie se maintiennent sur ce tronçon de l'Isle.
Bien que des données récentes n'aient pas été recueillies, il est probable que le cuivré des marais se développe sur certaines prairies, l'espèce ayant été recherchée et trouvée sur la vallée de l'Isle en amont (département de la Dordogne).
L’existence des barrages, si elle gêne la circulation des poissons migrateurs, fournit des habitats favorables à la reproduction de certains odonates rares et protégés, comme la cordulie à corps fin (pas de données disponibles) ou le gomphe à cercoïdes fourchus (une donnée de 2003).
La ZNIEFF demeure exposée à la progression ou à la continuation de certaines activités humaines qui modifient sa composition ou perturbe son fonctionnement : extractions de granulats, développement de cultures intensives, aménagements péri-urbains, aménagements routiers (liaison Abzac-Coutras).
Les limites de la ZNIEFF d'origine ont été resserrées sur la vallée inondable de l'Isle, la moins dégradée ou modifiées par les activités humaines : peu de mise en cultures, pas de nouvelles extractions de graves et présence prépondérantes des prairies humides et des boisements humides.
