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Du fait de la forte pression liée à l'urbanisation et aux aménagements divers (ports, aérodrome, etc.), aussi bien du côté espagnol que français, l'estuaire de la Bidassoa est réduit à sa plus simple expression et les habitats marins de la baie de Xingudy ont subi des dégradations.
Il semblerait toutefois que les herbiers à zostères, après une forte régression, soient de nouveau en progression, ce qui constitue une ressource alimentaire importante pour certains oiseaux d'eau.
Malgré ces contraintes et évolutions négatives, la baie demeure un site majeure pour l'hivernage et les haltes migratoires des oiseaux d'eau et des oiseaux marins. C'est pourquoi elle est identifiée en tant que Zone d'Importance pour la Conservation des Oiseaux (ZICO), dans le cadre de la directive "Oiseaux".
On peut aussi noter la présence de quelques vasières et bancs de sable qui fournissent des lieux d'alimentation importants pour les limicoles.
Enfin, sur ces vasières, se développe l'aster marin (Aster tripolium), espèces protégée en Pyrénées-Atlantiques du fait de sa rareté dans ce département.
Actuellement, les grands projets d'aménagement semblent terminés et la principale modification du site et de son fonctionnement provient du curage régulier et indispensable afin de maintenir le chenal de navigation.
La ZNIEFF correspond à la baie de Xingudy et à l'estuaire de la Bidassoa. En théorie, cette ZNIEFF devrait donc intégrer la partie de l'estuaire de la Bidassoa située en Espagne (Playaundi).
Les zones urbanisées ou aménagées entourant la baie sont systématiquement exclus. Le milieu océanique sensu stricto n'a pas été intégré à cette ZNIEFF "terrestre".
