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Les coteaux nord et sud du Boudouyssou, avancée atlantique des causses du Quercy, présentent, du fait de la géologie (calcaires massifs et calcaires plus ou moins marneux), de la pédologie (sols de type rendzine et sols squelettiques) et de leur exposition (sud), de très nombreux habitats naturels de type méso-xérobromion relativement bien préservés permettant le développement d'une flore calciphile thermophile très diversifiée et relativement intéressante. Si les influences sub-méditerranéennes sont bien marquées et offrent une diversité floristique remarquable en région Aquitaine (Aster amellus, Leuzea conifera, Carduncellus mitissimus, Dorycnium, Staehelina dubia, Pistacia therebinthus, Thesium humifusum), certains coteaux orientés nord, généralement plus boisés, présentent des notes plus fraîches tout aussi intéressantes (Neottia nidus avis, Scilla automnalis, Epipactis helleborine...). Beaucoup de ces espèces sont protégées au niveau national, régional ou départemental. La diversité en orchidées est très importante et avec près de 30 espèces (dont 2 hybrides), ce site constitue un des sites les plus riches et les plus diversifiés en orchidées de la région Aquitaine.
Les formations végétales les plus remarquables et les plus diversifiées correspondants aux pelouses sèches du méso-xérobromion, ont tendance à se fermer, passant de la pelouse à la fruticée plus ou moins rapidement impénétrable, à la formation forestière climacique (ici élément de la chênaie pubescente) d'un moindre intérêt en termes de biodiversité. Les conventions de gestion avec des éleveurs, mises en place sur le coteau de Casserouge, doivent être encouragées pour assurer le maintien des pelouses semi-arides.
Des investigations complémentaires doivent être réalisées sur les pelouses sèches des coteaux sud du Boudouyssou ("Plaine de Toulouse", "Grange Neuve", Pech de Biélat...) qui restent relativement peu connues. Des compléments seraient également nécessaires concernant la faune et notamment les lépidoptères, l'avifaune (rapaces diurnes) et les chiroptères, encore meconnus sur ces coteaux.
La ZNIEFF correspond aux coteaux nord et sud de la vallée du Boudouyssou qui s'étendent de Saux (Lot) à Tournon d'Agenais (Lot-et-Garonne) et jusqu'à Valeilles (Tarn-et-Garonne). Elle retient les pentes calcaires, les affleurements rocheux, les boisements thermophiles, les pelouses sèches et les prairies de fauches mésophiles.
Il est proposé d'étudier avec la région Midi-Pyrénées l'intégration dans cette grande ZNIEFF, les deux znieff de type I "Coteau de Boudouyssou et de Foun Grande" et celle de "Valleille", en fonction des données disponibles et des critères de délimitation retenus dans cette région.
