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Cette ZNIEFF résulte du regroupement de 4 ZNIEFF de première génération et qui n'avaient pas à être individualisées, étant des parties d'un ensemble fonctionnel unique. Afin de conserver l'aspect fonctionnel de l'unité hydraulique, les secteurs cultivés ont été intégrés à la ZNIEFF de type II, bien que présentant peu d'intérêt écologique.
Qu'il s'agisse des zones humides ou des coteaux les bordant, les milieux ont subi les effets directes ou indirects de divers aménagements urbains, routiers, autoroutiers et maintenant ferroviaires. Ceci a provoqué une perte notable de diversité notable depuis 1988. Ces aménagements ont de plus été accompagnés d'une mise en culture d'une partie des zones humides et l'abandon d'une partie des pâtures.
Malgré cela, le caractère très humide de la zone et l'entretien de milieux ouverts et non cultivés par les chasseurs a permis de préserver un nombre conséquent d'espèces rares et/ou protégées qui fréquentent ou se développent sur les milieux humides (pilulaire, œnanthe à feuilles de silaüs, loutre, cuivré des marais, etc.).
Si la partie entretenue par les chasseurs est la plus riche et présente le plus d'intérêt écologique, le secteur de "Pouillet" présente également un intérêt pour la flore et l'avifaune, notamment grâce au maintien de prairies humides.
L'évolution de la zone après l'aménagement de la LGV devra faire l'objet d'un suivi.
