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Ce vaste groupe d'îles présente des rives très riches d'un point de vue floristique. L'abandon ancien d'une partie de l'île du Nord a permis une évolution très favorable en termes d'habitats naturels, peu dégradés par les activités humaines. Ces milieux permettent l'accueil d'une faune variée, parfois rare (cuivré des marais, pélodyte ponctué, passereaux paludicoles).
L'avifaune y semble peu abondante en période de nidification mais l'entomofaune est très diversifiée et mériterait des investigations complémentaires.
En ce qui concerne la flore, la fritillaire pintade est très rare, ce qui peut résulter d'une régression ou en cours ou d'un début de colonisation. L'absence de données anciennes ne permet pas de conclure.
La nivéole d'été présente une population particulièrement abondante et l'angélique à fruits variables est fréquente le long de toutes les berges.
La présence d'une barrage à l'amont de l'île Cazeau, au niveau du petit bras de la Gironde, ralentit les écoulements dans ce petit bras et favorise la sédimentation. Les importants dépôts de vase qui se sont formés sont très exploités par les oiseaux d'eau pendant l'hivernage ou durant les haltes migratoires. De plus, ce ralentissement du courant diminue le drainage naturel des îles, donc favorise le développement de zones humides après abandon de l'exploitation des terrains.
Le devenir de ces milieux rivulaires ou de friches humides est incertain car il dépend fortement de certains éléments : devenir du barrage sur le petit bras de la Gironde, devenir des exploitations agricoles, devenir de la pâture sur l'île Macau.
Sur les zones agricoles on note des populations importantes de lapins, de ragondins et de sangliers. Actuellement, cette situation ne semble pas avoir de répercussions importantes sur les milieux non exploités.
On note également la présence de jussie sur la plupart des zones humides non boisées. Cela peut aboutir à une prolifération de l'espèce sur les milieux perturbés par l'homme (fossés curés par exemple). En revanche, les milieux naturels, déjà bien colonisés par la végétation autochtone (y compris des herbacées), sont colonisés mais sans phénomènes d'invasion pour le moment.
Les limites externes de la ZNIEFF ne sont pas fixes. Elles peuvent varier au gré des phénomènes d'érosion ou de sédimentation. Globalement, ces limites n'intègrent que les vasières colonisées par la végétation herbacée, hormis au niveau de Macau ou la vasière nu constitue un site important pour l'accueil de l'avifaune.
Les limites intérieures coorespondent le plus souvent aux digues rivulaires, ce qui exclut les terrains cultivés. Elles pénètrent vers l'intérieur des îles sur les secteurs abandonnées ou des zones humides se sont développées sur les friches. Elles intègrent également quelques prairies humides et des boisements mésophiles sur des secteurs exploités.
