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Les tronçons amont de ces deux cours d'eau, en Charente-Maritime, présentent un intérêt écologique particulièrement élevé au travers des habitats rivulaires tourbeux qu'ils traversent. Cette zone de landes humides se poursuit en Gironde, notamment sur les communes de Saint-Yzan de Soudiac, Laruscade et Lapouyade, où l'on observe encore de belles stations de landes à molinie qui accueillent le fadet des laîches, des ripisylves et des zones marécageuses fréquentées par la loutre et, au moins potentiellement, le vison d'Europe.
Les tronçons aval, qui ont été ajoutés dans le cadre de la modernisation présentent plus les caractéristiques observables sur la vallée de l'Isle, à savoir des terrains limoneux dans une vallée s'élargissant, encore souvent occupés par des prairies humides. Ces secteurs accueillent une faune variée, malgré la progression des terres cultivées et des plantations de peupliers. On y observe notamment le cuivré des marais et le damier de la succise, et les habitats favorables à la loutre et au vison d'Europe.
Cette ZNIEFF est avant tout la continuation en Gironde des ZNIEFF de la Saye et du Meudon de Charente-Maritime. Les limites amont ne chevauchent pas ces ZNIEFF et les limites latérales suivent la même logique, à savoir l'intégration des lits mineurs et des berges, ainsi que des zones humides connexes. Pour une logique fonctionnelle, la ZNIEFF a été poursuivie à l'aval jusqu'à sa jonction avec la ZNIEFF de la vallée de l'Isle.
